Князь Андрей был убит в своем замке, и место его гибели под лестницей лестничной башни сохранилось до наших дней. Возможно, в искупление этого преступления в Боголюбове был основан монастырь. Николай Воронин предположил, что монастырь на территории замка появился при преемниках Андрея в начале XIII века, однако ранние сведения об истории обители скудны и относятся к более позднему времени. В академических списках древнерусских монастырей он не упоминается.

Согласно грамоте царей Иоанна и Петра Алексеевичей 1687 года, обитель стала патриаршим домовым монастырем, в 1753 году, синодальным, позже перешла под управление владимирских архиереев, а с 1882 года до закрытия управлялась викариями Владимирской епархии. При учреждении штатов в 1763 году монастырю был присвоен 3-й класс, в 1872 году, 2-й, в 1891 году, 1-й. Огромный собор в честь Боголюбской иконы Божией Матери был построен в 1855-1866 годах в «русско-византийском стиле» по проекту Константина Тона.

В 1921 и 1923 годах настоятелем был викарий Владимирской епархии епископ Ковровский Афанасий Сахаров. 3 июня 1923 года монастырь был закрыт, а 17 сентября того же года президиум Владимирского уездного исполкома решил передать все имущество бывшего монастыря уездному и волостному исполкомам. Постановлением от 21 декабря и Владимирского губземуправления от 8 января 1924 года ансамбль бывшего монастыря с имуществом передали в ведение музейного отдела.

В 1991 году часть зданий была передана монашествующим во главе со схиигуменом Никодимом. 14 января 1997 года по решению священноначалия сюда были переведены 60 сестер из Задонского Спасо-Преображенского монастыря, что привело к созданию двух монастырей, мужского и женского. Началось активное возрождение монастыря: собор Боголюбской иконы Божией Матери был полностью оштукатурен, проведено паровое отопление, установлены паникадила, центральное весом около 2 тонн и девять малых боковых. Пол был выложен гранитом и мрамором, белым мрамором отделаны солея, алтарь, престол, жертвенник и горнее место. Отреставрированы росписи, в 2002 году изготовлен новый трехъярусный резной позолоченный иконостас. Построены хозяйственные постройки, посажен фруктовый сад, отреставрированы келейные корпуса. Работают швейная, иконописная и столярная мастерские. Окрестности оглашают праздничные колокола весом 1050, 2500 и 8000 кг. У святого источника у стен монастыря построены часовня и две купели, монашеская и мирская.

Возродилась традиция крестного хода с Боголюбской иконой Божией Матери, установленная в XVIII веке в память о чудесном прекращении морового поветрия по молитвам перед образом. Крестный ход из Владимира в Свято-Боголюбский монастырь проводится ежегодно 1 июля, в день празднования Боголюбской иконы Божией Матери.

Силами Свято-Боголюбского монастыря завершено строительство подворья в урочище Спас-Купалище Судогодского района, расположенного у впадения реки Судогды в Клязьму. С 2001 года, по благословению архиепископа Владимирского и Суздальского Евлогия, на пустом месте был возведен монастырский комплекс с келейным корпусом и хозяйственными постройками, обустроен чудотворный источник, завершено восстановление Спасо-Преображенского храма, где возобновлены богослужения.