Le prince André a été tué dans son château, et le lieu de sa mort sous l'escalier de la tour d'escalier a été conservé jusqu'à nos jours. Peut-être, en expiation de ce crime, le monastère a été fondé à Bogolioubovo. Nicolas Voronine a suggéré que le monastère sur le territoire du château est apparu sous les successeurs d'André au début du XIIIe siècle, cependant, les premières informations sur l'histoire de l'établissement sont rares et se rapportent à une époque plus tardive. Dans les listes académiques des monastères de la Russie ancienne, il n'est pas mentionné.

Selon le décret des rois Ivan et Pierre Alexeïevitch de 1687, l'établissement est devenu un monastère patriarcal, en 1753, synodal, puis est passé sous la direction des archevêques de Vladimir, et depuis 1882 jusqu'à sa fermeture, il était géré par les vicaire de l'éparchie de Vladimir. Lors de l'établissement des états en 1763, le monastère a reçu la classe 3, en 1872, la classe 2, et en 1891, la classe 1. Une immense cathédrale en l'honneur de l'icône de la Mère de Dieu de Bogolioub a été construite entre 1855 et 1866 dans le « style russo-byzantin » selon le projet de Constantin Ton.

En 1921 et 1923, le supérieur était le vicaire de l'éparchie de Vladimir, l'évêque Athanase de Kouvrova. Le 3 juin 1923, le monastère a été fermé, et le 17 septembre de la même année, le présidium de l'exécutif du district de Vladimir a décidé de transférer tous les biens de l'ancien monastère aux exécutifs de district et de volost. Par un décret du 21 décembre et de l'administration foncière de Vladimir du 8 janvier 1924, l'ensemble de l'ancien monastère avec ses biens a été transféré à la gestion du département des musées.

En 1991, une partie des bâtiments a été transférée aux moines sous la direction du schiigoumène Nicodème. Le 14 janvier 1997, par décision de la hiérarchie ecclésiastique, 60 sœurs du monastère de Spaso-Transfiguration de Zadonsk ont été transférées ici, ce qui a conduit à la création de deux monastères, masculin et féminin. Un renouveau actif du monastère a commencé : la cathédrale de l'icône de la Mère de Dieu de Bogolioub a été entièrement crépie, un chauffage à vapeur a été installé, des candélabres ont été mis en place, le central pesant environ 2 tonnes et neuf petits latéraux. Le sol a été pavé de granit et de marbre, le marbre blanc a été utilisé pour décorer la solennité, l'autel, le trône, l'autel et le lieu céleste. Les fresques ont été restaurées, en 2002, un nouvel iconostase sculpté à trois niveaux et doré a été fabriqué. Des bâtiments utilitaires ont été construits, un verger a été planté, et les corps des cellules ont été restaurés. Des ateliers de couture, de peinture d'icônes et de menuiserie sont en activité. Les environs sont remplis des cloches de fête pesant 1050, 2500 et 8000 kg. Près de la source sainte, aux murs du monastère, une chapelle et deux baignoires, monastique et laïque, ont été construites.

La tradition de la procession avec l'icône de la Mère de Dieu de Bogolioub, établie au XVIIIe siècle en mémoire de l'arrêt miraculeux de la peste par des prières devant l'image, a été ravivée. La procession de Vladimir au monastère Saint-Bogolioub a lieu chaque année le 1er juillet, jour de la célébration de l'icône de la Mère de Dieu de Bogolioub.

Grâce aux efforts du monastère Saint-Bogolioub, la construction d'un prieuré dans la région de Spas-Koupalichtche du district de Soudoja a été achevée, situé à l'embouchure de la rivière Soudoïda dans la Kliazma. Depuis 2001, avec la bénédiction de l'archevêque de Vladimir et Souzdal, Evlogy, un complexe monastique avec un bâtiment de cellules et des constructions utilitaires a été érigé sur un terrain vide, une source miraculeuse a été aménagée, et la restauration de l'église Spaso-Transfiguration a été achevée, où les services divins ont été repris.