Fürst Andrei wurde in seiner Burg ermordet, und der Ort seines Todes unter der Treppe des Treppenturms ist bis heute erhalten geblieben. Möglicherweise wurde das Kloster in Bogoljubovo zur Sühne für dieses Verbrechen gegründet. Nikolai Woronin vermutete, dass das Kloster auf dem Gelände der Burg bei den Nachfolgern von Andrei zu Beginn des 13. Jahrhunderts entstand, jedoch sind die frühen Informationen über die Geschichte der Abtei spärlich und stammen aus späterer Zeit. In den akademischen Listen der alten russischen Klöster wird es nicht erwähnt.

Laut dem Erlass der Könige Iwan und Peter Alexejewitsch aus dem Jahr 1687 wurde die Abtei ein patriarchalisches Hauskloster, 1753 ein synodales, später unter die Verwaltung der Wladimirer Bischöfe gestellt, und von 1882 bis zur Schließung wurde es von den Vikaren der Wladimirer Diözese geleitet. Bei der Einrichtung der Stände im Jahr 1763 wurde dem Kloster die 3. Klasse zugewiesen, 1872 die 2. Klasse und 1891 die 1. Klasse. Die riesige Kathedrale zu Ehren des Bogoljubskaja-Ikone der Gottesmutter wurde von 1855 bis 1866 im „russisch-byzantinischen Stil“ nach einem Entwurf von Konstantin Ton erbaut.

In den Jahren 1921 und 1923 war der Abt der Vikar der Wladimirer Diözese, Bischof Afanasi von Kowel. Am 3. Juni 1923 wurde das Kloster geschlossen, und am 17. September desselben Jahres beschloss das Präsidium des Wladimirer Bezirksvollzugsorgans, sämtliches Eigentum des ehemaligen Klosters an die Bezirks- und Gemeindeverwaltungen zu übertragen. Durch einen Beschluss vom 21. Dezember und der Wladimirer Bodenverwaltung vom 8. Januar 1924 wurde das Ensemble des ehemaligen Klosters mit dem Eigentum in die Obhut der Museumsabteilung übergeben.

Im Jahr 1991 wurde ein Teil der Gebäude an die Mönche unter der Leitung von Schema-Archimandrit Nikodim übergeben. Am 14. Januar 1997 wurden auf Beschluss der geistlichen Leitung hier 60 Schwestern aus dem Zadoner Spaso-Transfiguration-Kloster verlegt, was zur Gründung von zwei Klöstern, einem männlichen und einem weiblichen, führte. Die aktive Wiederbelebung des Klosters begann: Die Kathedrale der Bogoljubskaja-Ikone der Gottesmutter wurde vollständig verputzt, eine Dampfwärmeheizung installiert, Kronleuchter, darunter ein zentraler mit einem Gewicht von etwa 2 Tonnen und neun kleinen seitlichen, angebracht. Der Boden wurde mit Granit und Marmor ausgelegt, der Altar, der Tisch, der Opferaltar und der himmlische Ort mit weißem Marmor verziert. Die Fresken wurden restauriert, im Jahr 2002 wurde ein neuer dreistufiger geschnitzter vergoldeter Ikonostase hergestellt. Wirtschaftsbauten wurden errichtet, ein Obstgarten angelegt, die Zellengebäude restauriert. Es gibt Näh-, Ikonenmalerei- und Tischlerei-Werkstätten. Die Umgebung wird von festlichen Glocken mit einem Gewicht von 1050, 2500 und 8000 kg erfüllt. Am heiligen Brunnen an den Mauern des Klosters wurden eine Kapelle und zwei Taufen, eine für Mönche und eine für Laien, erbaut.

Die Tradition des Kreuzgangs mit der Bogoljubskaja-Ikone der Gottesmutter, die im 18. Jahrhundert zur Erinnerung an das wunderbare Ende der Pest durch Gebete vor dem Bild eingeführt wurde, ist wiederbelebt. Der Kreuzgang von Wladimir zum Heiligen Bogoljubskij-Kloster findet jährlich am 1. Juli, am Festtag der Bogoljubskaja-Ikone der Gottesmutter, statt.

Mit den Kräften des Heiligen Bogoljubskij-Klosters wurde der Bau eines Vorortes im Gebiet Spas-Kupalishche im Bezirk Sudogodskij abgeschlossen, das am Zusammenfluss des Flusses Sudogda in die Kljazma liegt. Seit 2001 wurde auf dem leeren Platz mit der Segnung des Erzbischofs von Wladimir und Suzdalskij, Jewlogij, ein Klosterkomplex mit einem Zellengebäude und Wirtschaftsbauten errichtet, eine wundertätige Quelle angelegt, und die Wiederherstellung der Spaso-Transfiguration-Kirche abgeschlossen, wo die Gottesdienste wieder aufgenommen wurden.