Женская обитель на месте Благовещенского монастыря в Астрахани была основана более трёх столетий назад. До этого здесь находился древний Вознесенский мужской монастырь, первая церковная постройка за пределами Астраханского кремля и Белого города. Монастырь был бедным, его здания были в основном деревянными. Каменную церковь пытались возвести с начала XVII века, но освятили её лишь в 1699 году, спустя более полувека после закладки первого камня.

Вознесенский монастырь был упразднён в 1706 году, и на его месте разместили женскую обитель, переименовав монастырь в Благовещенский. Согласно сохранившимся свидетельствам, монахини ранее жили в Астраханском женском монастыре, упоминания о котором датируются 1614 и 1619 годами. Вероятно, сестры этого храма вместе с монахинями Пятницкого монастыря переселились в упразднённый Вознесенский монастырь. Это объясняет появление придела в честь Мученицы Параскевы Пятницы в соборной монастырской Благовещенской церкви.

С 1848 по 1851 годы отремонтировали несколько монастырских зданий и часть обрушившейся северной стены. Старые стены ремонтировались несколько раз, но окончательный вид приобрели только к началу следующего века. В это же время было решено полностью перестроить в Астрахани ветхий Иоанно-Богословский храм, не сохраняя его первоначальный интерьер. В октябре 1865 года обновлённая церковь была освящена.

В 1894 году в Благовещенском монастыре произошёл пожар, уничтоживший два деревянных корпуса, каретник, конюшню, здание церковно-приходской школы, трапезную для монахинь, каменную кухню с кладовыми и дровяными амбарами, а также каменный флигель настоятельницы.

В последующие годы восстанавливали уничтоженные и повреждённые строения. В 1896 году для настоятельницы построили новый одноэтажный дом. В тот же год городское общество пожертвовало монастырю земельный участок, где через два года возвели каменную церковно-приходскую школу. В течение следующих десяти лет восстановили и остальные сгоревшие постройки.

В 1900 и 1901 годах в юго-восточном углу монастыря перестроили часовню Святителя Николая, находившуюся в аварийном состоянии. В 1900 году её разобрали, а через год освятили новое здание.

В 1907 году в монастыре построили новую колокольню в древнерусском стиле, расположенную над святыми вратами, главным входом в монастырь. Она завершалась куполом с позолоченным яблоком и восьмиконечным крестом. Внутри храма позолоченные резные иконостасы украшали как центральный, так и боковой приделы. Они были созданы в начале XVIII века и несколько раз обновлялись, последний раз в 1908 и 1909 годах, когда старые иконы заменили новыми. Тогда же обновлялась и роспись храма.

С приходом советской власти монастырь был упразднён. Его помещения использовались как госпиталь, военная часть и детский дом. Когда в здании разместили детский дом №6 и учреждение для детей с моральными дефектами, монахинь выселили, хотя храмы оставались в их распоряжении.

В 1930 году храмы и колокольню на территории монастыря полностью разрушили. Некоторые деревянные кельи использовались частными лицами. В 1949 году большая часть монастыря была передана Астраханскому областному военкомату. В начале 1990-х годов часть северной стены обрушилась, и треть стены была восстановлена. Работы по восстановлению монастыря начались в 2008 году. В первую очередь были приведены в порядок стены и башни, отремонтирована и открыта для прихожан часовня Святителя Николая. В 2014 году были проведены работы по сохранению ограды, очистке памятника от старой краски, плесени и грязи, обработке специальными составами, реставрации повреждённых поверхностей кирпичной кладки и окраске памятника.