Считается, что Благовещенский монастырь был основан почти одновременно с Нижним Новгородом и в 1229 году подвергся разорению мордовским князем Пургасом. Лаврентьевская летопись упоминает монастырь в 1229 году, что является первым достоверным упоминанием обители в письменных источниках.

Существует версия, что монастырь был основан в 1221 году при закладке Нижнего Новгорода великим князем Юрием Всеволодовичем и епископом Симоном. Эта идея появилась в XIX веке. Летописи сообщают, что при Юрии Всеволодовиче был основан монастырь Пресвятой Богородицы около Нижнего Новгорода. Архимандрит Макарий предположил, что это был Благовещенский монастырь, и это мнение стало популярным, хотя не подтверждается фактами.

Историк А. А. Кузнецов утверждает, что отождествление Богородичного монастыря с Благовещенским не имеет научной основы. Сходство заключается лишь в названиях, а упоминания Благовещенского монастыря появляются только во второй половине XIV века. По его мнению, связь между монастырями основана лишь на совпадении имени Богородицы.

Богородичная обитель могла быть связана с другими монастырями, такими как Успения, Похвалы, Рождества, Покрова или Введения во храм Богородицы. Путаница в историографии возникла в XIX веке, когда краевед Н. И. Храмцовский писал, что Благовещенский монастырь, это тот самый Богородицкий, разорённый Пургасом в 1229 году. Авторитет Строева, сподвижника Карамзина, был высок, что повлияло на создание истории монастыря с 1229 по 1357 год, когда его якобы восстановил митрополит Алексий.

Монастырь выполнял оборонительную и миссионерскую функции. В XIV веке монастыри Нижегородско-Суздальского княжества активно участвовали в освоении земель. Значительная часть территории была пустынной и разрабатывалась монахами и крестьянами. С конца XIV века монастырь начал развивать промыслы.

В 1393 году князь Борис Константинович пожаловал монастырю промыслы по реке Суре и озёрам. В 1399 году боярин Савва Сюзев завещал обители пустошь в Курмышском уезде. В 1416-1417 годах монастырю отошла пустошь на Платинском враге. В 1438 году князь Василий Васильевич передал монастырю село Еленское и деревню Заборскую, а в 1442 году князь Даниил Борисович, село Мигино. В 1554 году монастырь получил деревню Гнилицу.

После революции монастырь был закрыт и разорён. В 1948 и 2005 годах в Алексиевской церкви размещался планетарий. Возрождение монастыря началось в 1993 году с открытия духовного училища, которое позже стало семинарией. Первым ректором стал иеромонах Кирилл. В 2007 году в храме святителя Алексия установили фарфоровый иконостас, первый в Нижнем Новгороде.

7 апреля 2009 года освятили иконы праотеческого ряда иконостаса Благовещенского собора. С 2010 года прихожане помогают восстанавливать Церковь Иоанна Предтечи в селе Прудищи. 7 мая 2011 года архиепископ Георгий освятил храм Сергия Радонежского. 23 августа 2013 года на территории монастыря открыли памятник-бюст Александру III.