On considère que le monastère de la Sainte Annonciation a été fondé presque en même temps que Nizhny Novgorod et a été saccagé en 1229 par le prince mordve Purgas. La chronique de Laurent mentionne le monastère en 1229, ce qui constitue la première mention fiable de l'établissement dans les sources écrites.

Il existe une version selon laquelle le monastère a été fondé en 1221 lors de la fondation de Nizhny Novgorod par le grand prince Youri Vsevolodovitch et l'évêque Simon. Cette idée est apparue au XIXe siècle. Les chroniques rapportent que sous Youri Vsevolodovitch, un monastère de la Sainte Vierge a été fondé près de Nizhny Novgorod. L'archimandrite Macaire a suggéré qu'il s'agissait du monastère de la Sainte Annonciation, et cette opinion est devenue populaire, bien qu'elle ne soit pas confirmée par des faits.

L'historien A. A. Kouznetsov affirme que l'identification du monastère de la Vierge avec celui de la Sainte Annonciation n'a pas de fondement scientifique. La similitude réside uniquement dans les noms, et les mentions du monastère de la Sainte Annonciation n'apparaissent qu'au cours de la seconde moitié du XIVe siècle. Selon lui, le lien entre les monastères repose uniquement sur la coïncidence du nom de la Vierge.

Le monastère de la Vierge pouvait être lié à d'autres monastères, tels que ceux de l'Assomption, de la Louange, de la Nativité, de la Protection ou de l'Entrée au temple de la Vierge. La confusion dans l'historiographie est apparue au XIXe siècle, lorsque l'historien local N. I. Kramtsovski a écrit que le monastère de la Sainte Annonciation était le même que celui de la Vierge, saccagé par Purgas en 1229. L'autorité de Stroev, compagnon de Karamzin, était élevée, ce qui a influencé la création de l'histoire du monastère de 1229 à 1357, lorsque celui-ci aurait été restauré par le métropolite Alexis.

Le monastère remplissait des fonctions défensives et missionnaires. Au XIVe siècle, les monastères du duché de Nizhny Novgorod-Souzdal participaient activement à l'appropriation des terres. Une grande partie du territoire était déserte et était exploitée par des moines et des paysans. À la fin du XIVe siècle, le monastère a commencé à développer des industries.

En 1393, le prince Boris Konstantinovitch a accordé au monastère des droits de pêche sur la rivière Soura et les lacs. En 1399, le boyard Savva Syzev a légué à l'établissement une friche dans le district de Kourmysh. En 1416-1417, le monastère a reçu une friche au Vrag Platinsky. En 1438, le prince Vassili Vassilievitch a transféré au monastère le village d'Elenskoe et le hameau de Zabor, et en 1442, le prince Daniil Borisovitch, le village de Migino. En 1554, le monastère a reçu le village de Gnilitsa.

Après la révolution, le monastère a été fermé et saccagé. En 1948 et 2005, un planétarium a été installé dans l'église d'Alexis. La renaissance du monastère a commencé en 1993 avec l'ouverture d'une école spirituelle, qui est devenue plus tard un séminaire. Le premier recteur était l'hiéromoine Kirill. En 2007, un iconostase en porcelaine a été installé dans l'église de saint Alexis, le premier à Nizhny Novgorod.

Le 7 avril 2009, les icônes de la rangée des ancêtres de l'iconostase de la cathédrale de la Sainte Annonciation ont été consacrées. Depuis 2010, les paroissiens aident à restaurer l'église de saint Jean Baptiste dans le village de Prudishchi. Le 7 mai 2011, l'archevêque Georgy a consacré l'église de saint Serge de Radonège. Le 23 août 2013, un buste commémoratif d'Alexandre III a été inauguré sur le territoire du monastère.