Согласно летописным источникам Троице-Сергиевой лавры, в 1358 году преподобный Сергий Радонежский временно покинул Троицкий монастырь, чтобы найти место для новой обители. В Махрищском монастыре он встретился с игуменом Стефаном и взял в спутники монаха Симона. После долгих странствий они остановились у левого высокого берега реки Киржач. Вскоре к ним присоединились ученики Сергия, и братия построила кельи и деревянную церковь в честь Благовещения Пресвятой Богородицы. Прожив в обители на Киржаче четыре года, Сергий вернулся в Троицкий монастырь, оставив настоятелем своего ученика, преподобного иеромонаха Романа, который занимался развитием Киржачского монастыря до своей смерти в 1392 году. Роман Киржачский, признанный святым, считается первым игуменом монастыря.

Первоначально монастырь был мужским и находился под управлением Троице-Сергиевой лавры. В XVI веке на месте деревянной Благовещенской церкви возвели каменный храм и трапезную церковь в честь Сергия Радонежского. В 1656 году боярин Иван Андреевич Милославский построил Спасскую церковь с колокольней над могилами своих родителей, и это место стало фамильной усыпальницей Милославских. Архивы свидетельствуют, что в средние века монастырь был окружён каменной стеной, за которой с северной стороны находилась часовня над колодцем, выкопанным Сергием. В 1764 году монастырь был упразднён и преобразован в Благовещенский приход. По указу Екатерины II о секуляризации церковных владений, имущество монастыря передали Троице-Сергиевой лавре, а братия была переведена в другие монастыри. В середине XIX века росписью приходских храмов занимался основатель шёлковой промышленности в Киржаче Александр Петрович Соловьёв. В 1864 и 1869 годах его сыновья Пётр и Александр построили храм Всех Святых с высокой колокольней. В советское время монастырь не действовал. В 1932 и 1934 годах был взорван храм Сергия Радонежского. Во время войны Благовещенский собор использовался как склад боеприпасов, а позже в его помещениях размещались колбасный цех и керосиновая лавка. В церкви Всех Святых находился городской хлебозавод. Лишь в 1990 году Благовещенский и Спасский храмы были возвращены Русской православной церкви. В июле 1995 года указом архиепископа Владимирского и Суздальского Евлогия монастырь возобновил свою деятельность как женская обитель. В 1997 году в подклети Благовещенского собора была установлена рака с мощами Романа Киржачского. На многолюдных богослужениях по случаю обретения мощей Романа Киржачского присутствовал Патриарх Московский и всея Руси Алексий II.

На протяжении веков постройки в монастыре и вокруг него возводились, ветшали и перестраивались, и со временем было утрачено множество древних сооружений, документов, икон и настенной росписи. Из сохранившихся построек особый интерес представляет архитектурный ансамбль, включающий Благовещенский собор и церковь Спаса. Четырёхстолпный одноглавый Благовещенский собор имеет ярусное завершение в виде пирамиды кокошников, а внутри, систему арок и ступенчатых сводов. Точная дата его постройки неизвестна, но архитектурные формы позволяют отнести его к началу XVI века. Церковь Спаса была построена в 1656 году на средства боярина Ивана Андреевича Милославского как фамильная усыпальница, что отразилось в строгом архитектурном облике здания. Простой и чёткий четверик храма, стоящий на подклете, завершён шатровой колокольней вместо традиционных глав. Церковь Спаса соединена площадкой-гульбищем с Благовещенским собором, образуя с ним единое целое. Рядом с этими храмами находится церковь Всех Святых с высокой шестиярусной колокольней, построенная в 1864 и 1869 годах в неорусском стиле.