Иван Васильевич Бабушкин родился 3 (15) января 1873 года в селе Леденгском Вологодской губернии в крестьянской семье. С раннего возраста он начал работать: сначала был помощником в лавке, а с 1887 по 1891 год обучался слесарному делу в торпедной мастерской в Кронштадте. Летом 1891 года он устроился слесарем в паровозо-механическую мастерскую на Семянниковском заводе в Санкт-Петербурге, где трудился до 1896 года.

Его путь в революцию начался в 1894 году, когда он стал посещать рабочий марксистский кружок под руководством В. И. Ленина. В следующем году Бабушкин активно участвовал в деятельности Петербургского «Союза борьбы за освобождение рабочего класса». Он организовывал новые рабочие кружки и библиотеки, работал не только с рабочими своего завода, но и на Александровском и Стеклянном заводах. В январе 1896 года его арестовала полиция, а в феврале 1897 года сослали в Екатеринослав по делу «Союза борьбы за освобождение рабочего класса». В Екатеринославе он продолжил революционную деятельность, помогая организовать местное отделение «Союза» в декабре 1897 года, Екатеринославский комитет РСДРП в октябре 1898 года и в 1900 году нелегальную газету «Южный рабочий». Он активно сотрудничал с ленинской «Искрой» в качестве корреспондента и агента.

В 1900 и 1901 годах Бабушкин как агент «Искры» работал в разных городах Российской империи, таких как Москва, Смоленск, Полоцк, Орехово-Зуево и Иваново-Вознесенск. Под его руководством в октябре 1901 года была создана Орехово-Богородская организация РСДРП, первая в стране, признавшая «Искру» своим центральным печатным органом. В декабре 1901 года его арестовали на заседании Орехово-Богородского комитета РСДРП, но в 1902 году он сумел бежать из екатеринославской тюрьмы и перебраться в Лондон. В октябре того же года он вернулся в Россию и участвовал в дискуссиях с «экономистами» и зубатовцами. В 1903 году его снова арестовали и сослали в Верхоянск (Якутия), но в 1905 году он был амнистирован.

Во время революции 1905 года Бабушкин был членом Иркутского и Читинского комитетов РСДРП и работал в газете большевиков «Забайкальский рабочий». Он стал одним из руководителей Читинского вооружённого восстания вместе с Виктором Курнатовским и Антоном Костюшко-Валюжаничем.

31 декабря 1905 (13 января 1906) года он покинул Читу и вместе с пятью товарищами сопровождал состав с оружием для рабочих Иркутска. Их задержала экспедиция генерала Александра Меллер-Закомельского на станции Слюдянка. 5 (18) января 1906 года Бабушкин и его товарищи, телеграфисты Клюшников, Савин, Ермолаев и Бялых, были расстреляны по приговору военно-полевого суда на станции Мысовая, ныне город Бабушкин в Бурятии.