Ivan Vassilievitch Babouchkine est né le 3 (15) janvier 1873 dans le village de Ledenjski dans le gouvernement de Vologda, dans une famille de paysans. Dès son jeune âge, il a commencé à travailler : d'abord comme aide dans un magasin, puis de 1887 à 1891, il a appris le métier de serrurier dans un atelier de torpilles à Kronstadt. En été 1891, il a trouvé un emploi de serrurier dans l'atelier de locomotives du chantier Semjannikov à Saint-Pétersbourg, où il a travaillé jusqu'en 1896.

Son chemin vers la révolution a commencé en 1894, lorsqu'il a commencé à fréquenter un cercle ouvrier marxiste dirigé par V. I. Lénine. L'année suivante, Babouchkine a activement participé aux activités de l'Union de lutte pour la libération de la classe ouvrière de Saint-Pétersbourg. Il organisait de nouveaux cercles de travailleurs et des bibliothèques, travaillant non seulement avec les ouvriers de son usine, mais aussi avec ceux des usines Alexandrovsky et Steklanny. En janvier 1896, il a été arrêté par la police, et en février 1897, il a été exilé à Ekaterinoslav dans le cadre de l'affaire de l'Union de lutte pour la libération de la classe ouvrière. À Ekaterinoslav, il a poursuivi son activité révolutionnaire, aidant à organiser la section locale de l'Union en décembre 1897, le comité d'Ekaterinoslav du RSDRP en octobre 1898 et en 1900, le journal illégal « Sud Arbeiter ». Il a collaboré activement avec le « Iskra » de Lénine en tant que correspondant et agent.

En 1900 et 1901, Babouchkine, en tant qu'agent d'« Iskra », a travaillé dans différentes villes de l'Empire russe, telles que Moscou, Smolensk, Polotsk, Orechovo-Zouyevo et Ivanovo-Voznessensk. Sous sa direction, en octobre 1901, l'organisation d'Orechovo-Bogorodsk du RSDRP a été créée, la première du pays à reconnaître « Iskra » comme son organe de presse central. En décembre 1901, il a été arrêté lors d'une réunion du comité d'Orechovo-Bogorodsk du RSDRP, mais en 1902, il a réussi à s'échapper de la prison d'Ekaterinoslav et à se rendre à Londres. En octobre de la même année, il est revenu en Russie et a participé à des discussions avec les « économistes » et les zoubatovistes. En 1903, il a de nouveau été arrêté et exilé à Verkhoyansk (Yakoutie), mais en 1905, il a été amnistié.

Pendant la révolution de 1905, Babouchkine était membre des comités d'Irkoutsk et de Tchita du RSDRP et travaillait dans le journal des bolcheviks « Zabaïkalski Rabotchi ». Il est devenu l'un des dirigeants de l'insurrection armée de Tchita aux côtés de Viktor Kournatovski et Anton Kostiouko-Valoujanitch.

Le 31 décembre 1905 (13 janvier 1906), il a quitté Tchita et, avec cinq camarades, a escorté un convoi d'armes pour les ouvriers d'Irkoutsk. Ils ont été arrêtés par l'expédition du général Alexandre Meller-Zakomelsky à la station de Slioudianka. Le 5 (18) janvier 1906, Babouchkine et ses camarades, les télégraphistes Kliouchnikov, Savine, Ermolayev et Bialykh, ont été fusillés par jugement d'un tribunal militaire à la station de Mysovaya, aujourd'hui la ville de Babouchkine en Bouriatie.