Iwan Wassiljewitsch Babuschkin wurde am 3. (15.) Januar 1873 im Dorf Ledengskoye in der Wologda-Region in einer Bauernfamilie geboren. Schon in jungen Jahren begann er zu arbeiten: Zunächst war er Hilfsarbeiter in einem Laden, und von 1887 bis 1891 lernte er das Schlosserhandwerk in einer Torpedowerkstatt in Kronstadt. Im Sommer 1891 fand er eine Anstellung als Schlosser in der Lokomotivmechanischen Werkstatt im Semjannikow-Werk in St. Petersburg, wo er bis 1896 arbeitete.

Sein Weg zur Revolution begann 1894, als er einen marxistischen Arbeiterkreis unter der Leitung von W. I. Lenin besuchte. Im folgenden Jahr nahm Babuschkin aktiv an den Aktivitäten des Petersburger „Bundes zur Befreiung der Arbeiterklasse“ teil. Er organisierte neue Arbeiterkreise und Bibliotheken und arbeitete nicht nur mit den Arbeitern seiner Fabrik, sondern auch in den Werken Alexandrowski und Stekljanny. Im Januar 1896 wurde er von der Polizei verhaftet, und im Februar 1897 wurde er im Rahmen des „Bundes zur Befreiung der Arbeiterklasse“ nach Jekaterinoslaw verbannt. In Jekaterinoslaw setzte er seine revolutionäre Tätigkeit fort, half im Dezember 1897 bei der Gründung der lokalen Abteilung des „Bundes“ und im Oktober 1898 des Jekaterinoslawer Komitees der RSDRP sowie 1900 bei der Gründung der illegalen Zeitung „Südlicher Arbeiter“. Er arbeitete aktiv mit Lenins „Iskra“ als Korrespondent und Agent zusammen.

In den Jahren 1900 und 1901 arbeitete Babuschkin als Agent der „Iskra“ in verschiedenen Städten des Russischen Kaiserreichs, wie Moskau, Smolensk, Polozk, Orechowo-Sujewo und Ivanovo-Wosnesensk. Unter seiner Leitung wurde im Oktober 1901 die Orechowo-Bogorodskaja Organisation der RSDRP gegründet, die erste im Land, die „Iskra“ als ihr zentrales Druckorgan anerkannte. Im Dezember 1901 wurde er bei einer Sitzung des Orechowo-Bogorodsker Komitees der RSDRP verhaftet, konnte jedoch 1902 aus dem Gefängnis in Jekaterinoslaw entkommen und nach London fliehen. Im Oktober desselben Jahres kehrte er nach Russland zurück und nahm an Diskussionen mit den „Ökonomen“ und den Zubatov-Leuten teil. 1903 wurde er erneut verhaftet und nach Werchojansk (Jakutien) verbannt, wurde jedoch 1905 amnestiert.

Während der Revolution von 1905 war Babuschkin Mitglied der Irkutsker und Tschitiner Komitees der RSDRP und arbeitete in der Zeitung der Bolschewiki „Sibirischer Arbeiter“. Er wurde einer der Anführer des bewaffneten Aufstands in Tschita zusammen mit Wiktor Kurnatowski und Anton Kostjuszko-Walujanitsch.

Am 31. Dezember 1905 (13. Januar 1906) verließ er Tschita und begleitete zusammen mit fünf Genossen einen Zug mit Waffen für die Arbeiter von Irkutsk. Sie wurden von der Expedition des Generals Alexander Meller-Zakomejski am Bahnhof Sljudjanka aufgehalten. Am 5. (18.) Januar 1906 wurden Babuschkin und seine Genossen, die Telegraphisten Kljuschnikow, Sawin, Jermolajew und Bjalich, auf Befehl eines Militärfeldgerichts am Bahnhof Mysovaya, heute die Stadt Babuschkin in Burjatien, erschossen.