Iván Vasílievich Babushkin nació el 3 (15) de enero de 1873 en el pueblo de Ledengskoye, en la provincia de Vologda, en una familia campesina. Desde una edad temprana comenzó a trabajar: primero fue asistente en una tienda, y de 1887 a 1891 estudió la profesión de cerrajero en un taller de torpedos en Kronstadt. En el verano de 1891, consiguió trabajo como cerrajero en el taller de locomotoras de la fábrica de Semyannikov en San Petersburgo, donde trabajó hasta 1896.

Su camino hacia la revolución comenzó en 1894, cuando empezó a asistir a un círculo marxista de trabajadores bajo la dirección de V. I. Lenin. Al año siguiente, Babushkin participó activamente en las actividades de la "Unión de Lucha por la Liberación de la Clase Trabajadora" de San Petersburgo. Organizó nuevos círculos de trabajadores y bibliotecas, trabajando no solo con los trabajadores de su fábrica, sino también en las fábricas de Aleksandrovsky y Steklyanny. En enero de 1896, fue arrestado por la policía, y en febrero de 1897 fue exiliado a Ekaterinoslav por el caso de la "Unión de Lucha por la Liberación de la Clase Trabajadora". En Ekaterinoslav, continuó su actividad revolucionaria, ayudando a organizar la sección local de la "Unión" en diciembre de 1897, el comité de Ekaterinoslav del RSDRP en octubre de 1898 y en 1900 el periódico ilegal "Trabajador del Sur". Colaboró activamente con la "Iskra" de Lenin como corresponsal y agente.

En 1900 y 1901, Babushkin, como agente de "Iskra", trabajó en varias ciudades del Imperio Ruso, como Moscú, Smolensk, Polotsk, Orejovo-Zuyevo e Ivanovo-Voznesensk. Bajo su dirección, en octubre de 1901 se creó la organización Orejovo-Bogorodskaya del RSDRP, la primera en el país que reconoció a "Iskra" como su órgano de prensa central. En diciembre de 1901 fue arrestado en una reunión del comité Orejovo-Bogorodsky del RSDRP, pero en 1902 logró escapar de la prisión de Ekaterinoslav y se trasladó a Londres. En octubre de ese mismo año regresó a Rusia y participó en discusiones con los "economistas" y los zubatovistas. En 1903 fue arrestado nuevamente y exiliado a Verkhoyansk (Yakutia), pero en 1905 fue amnistiado.

Durante la revolución de 1905, Babushkin fue miembro de los comités de Irkutsk y Chita del RSDRP y trabajó en el periódico de los bolcheviques "Trabajador de Transbaikalia". Se convirtió en uno de los líderes del levantamiento armado de Chita junto con Víctor Kurnatovsky y Antón Kostiushko-Valyuzhanich.

El 31 de diciembre de 1905 (13 de enero de 1906), dejó Chita y junto con cinco compañeros acompañó un tren con armas para los trabajadores de Irkutsk. Fueron detenidos por la expedición del general Alexander Meller-Zakomyelsky en la estación Slyudyanka. El 5 (18) de enero de 1906, Babushkin y sus compañeros, los telegrafistas Klyushnikov, Savin, Yermolaev y Bialykh, fueron fusilados por orden de un tribunal militar en la estación Mysovaya, hoy en día la ciudad de Babushkin en Buriatia.