En 1568, l'île de Churkin ainsi que l'uchug adjacent ont été transférés au monastère de la Trinité d'Astrakhan. Selon la tradition monastique, la première église à cet endroit a été construite par le fondateur du monastère, le vénérable igoumène Cyril, et consacrée en l'honneur de saint Nicolas le Thaumaturge. Le vénérable Cyril a offert à l'église une icône de saint Nicolas, qui a ensuite été glorifiée par des miracles et des guérisons. Au milieu du XVIIe siècle, une autre sainteté est apparue ici, l'icône miraculeuse de la Mère de Dieu de Smolensk. Selon la légende, en 1669, lorsque les bandits de Stepan Razin ont pillé les rives inférieures de la Volga, ils ont tenté de brûler l'icône, mais le feu s'est retourné contre eux, et l'icône s'est miraculeusement retrouvée sur l'uchug du monastère. Les moines l'ont honorablement placée dans l'église de saint Nicolas le Thaumaturge, et de nombreux miracles en sont issus.

Au XVIIe siècle, l'uchug de Churkin est passé au monastère de la Transfiguration de Spass d'Astrakhan. Les moines vivaient ici près de l'église au bord de la rivière Churka. Dans les années 70 du XVIIe siècle, un nouvel habitant est apparu ici, le bourreau Laryka, qui, ayant pris conscience de ses péchés, s'est retiré ici et a creusé une grotte pour lui-même. Il est resté dans la mémoire populaire sous le nom de Churka. Après sa mort, d'autres ascètes ont commencé à creuser des grottes dans la colline, et maintenant, selon les habitants locaux, il y a de nombreux passages à l'intérieur de la colline. Au début du XVIIIe siècle, l'église de Nicolas a été déplacée sur la "Haute Montagne", comme on appelait la colline de Churkin. En 1762, le désert de Churkin est devenu un monastère autonome et a connu un essor sous l'évêque Méthode. Une église en pierre et une clôture ont été construites, le monastère avait un jardin riche et un troupeau de chevaux.

Le monastère a prospéré jusqu'en 1806, lorsque ses eaux de pêche ont été confisquées au trésor, et le monastère est tombé en déclin. Un nouvel essor est lié à l'archimandrite Eugène, qui est devenu supérieur en 1840. Sous sa direction, le désert de Churkin a acquis une importance comparable à celle du désert d'Optina. Son successeur, l'archimandrite Païssy, a construit la cathédrale de l'Ascension et a récupéré les eaux monastiques. Païssy, élève du désert de Glinsk, a commencé à aligner le règlement du monastère sur ses règles strictes. Son œuvre a été poursuivie par l'archimandrite Macédonien Jirov, qui a amené avec lui des moines du désert de Glinsk. En 1910, le skit de Jean-Baptiste a été fondé, dont le supérieur est devenu le hiéromoine Dosiphée Kouzmine.

Au début du XXe siècle, le monastère prospérait, avec une briqueterie, des ateliers, des jardins et du bétail. Cependant, en 1919, le monastère a été fermé, et son économie est tombée en déclin. En 1930, le clocher et la cathédrale ont été démolis, et les briques ont été utilisées pour la construction dans le village nommé d'après Volodarsky. Plus tard, sur le territoire du monastère, il y avait un internat, un sanatorium et des hôpitaux. Le dernier était un hôpital psychiatrique, fermé au début des années 1990.