En 1568, la isla Churkin junto con el adyacente uchug fue entregada al monasterio de la Trinidad de Astracán. Según la tradición monástica, el fundador del monasterio, el venerable igumen Cirilo, construyó la primera iglesia en este lugar y la consagró en honor al santo Nicolás el Milagroso. El venerable Cirilo donó al templo un ícono del santo Nicolás, que más tarde se hizo famoso por sus milagros y curaciones. A mediados del siglo XVII, apareció aquí otra reliquia, el milagroso ícono de la Madre de Dios de Smolensk. Según la tradición, en 1669, cuando los bandidos de Stepán Razin saqueaban las tierras bajas del Volga, intentaron quemar el ícono, pero el fuego se volvió contra ellos, y el ícono milagrosamente apareció en el uchug del monasterio. Los monjes lo colocaron con honor en la iglesia de Nicolás el Milagroso, y de él ocurrieron muchos milagros.

En el siglo XVII, el uchug Churkin pasó al monasterio de la Transfiguración de Astracán. Los monjes vivían aquí junto a la iglesia a la orilla del río Churka. En la década de 1670, apareció un nuevo residente, el verdugo Lárka, quien, al darse cuenta de sus pecados, se retiró aquí y excavó una cueva para sí mismo. Se le recuerda en la memoria popular como Churka. Tras su muerte, otros ascetas comenzaron a excavar cuevas en el montículo, y ahora, según los habitantes locales, dentro del montículo hay muchos pasajes. A principios del siglo XVIII, la iglesia de Nicolás fue trasladada a la 'Alta Montaña', como se llamaba al montículo Churkin. En 1762, el desierto Churkin se convirtió en un monasterio independiente y experimentó un florecimiento bajo el obispo Mefodios. Se construyeron un templo de piedra y un recinto, el monasterio tenía un jardín rico y un rebaño de caballos.

El monasterio prosperó hasta 1806, cuando sus aguas de pesca fueron confiscadas por el tesoro, y el monasterio cayó en decadencia. Un nuevo florecimiento está asociado con el archimandrita Eugenio, quien se convirtió en el superior en 1840. Bajo su dirección, el desierto Churkin adquirió una importancia comparable a la del desierto Optina. Su sucesor, el archimandrita Paisio, construyó la catedral de la Asunción y devolvió las aguas del monasterio. Paisio, alumno del desierto de Glinsk, comenzó a alinear el estatuto del monasterio con sus estrictas reglas. Su obra fue continuada por el archimandrita Macedonio Zhirov, quien trajo consigo a monjes del desierto de Glinsk. En 1910 se fundó la ermita de Juan el Bautista, cuyo superior fue el hieromonje Dosifei Kuzmin.

A principios del siglo XX, el monasterio prosperaba, había una fábrica de ladrillos, talleres, jardines y ganado. Sin embargo, en 1919, el monasterio fue cerrado y su economía cayó en decadencia. En 1930, se demolieron el campanario y la catedral, y los ladrillos se utilizaron para la construcción en el asentamiento de nombre Volodarsky. Más tarde, en el territorio del monasterio, se ubicaron un internado, un sanatorio y hospitales. El último fue un hospital psiquiátrico, cerrado a principios de la década de 1990.