Im Jahr 1568 wurde die Churkinski-Insel zusammen mit dem angrenzenden Utschug dem Astrakhaner Dreifaltigkeitskloster übergeben. Laut der Klostertradition baute der Gründer des Klosters, der heilige Abt Kyrill, die erste Kirche an diesem Ort und weihte sie zu Ehren des heiligen Nikolaus von Myra. Der heilige Kyrill stiftete dem Tempel ein Ikone des heiligen Nikolaus, die später durch Wunder und Heilungen berühmt wurde. In der Mitte des 17. Jahrhunderts erschien hier eine weitere Heiligkeit, das wundertätige Smolensker Ikone der Gottesmutter. Der Legende nach, im Jahr 1669, als die Räuber von Stepan Razin die Unterläufe der Wolga plünderten, versuchten sie, die Ikone zu verbrennen, aber das Feuer wandte sich gegen sie, und die Ikone fand auf wundersame Weise ihren Weg zum Kloster-Utschug. Die Mönche platzierten sie mit Ehre in der Kirche des heiligen Nikolaus, und von ihr geschahen viele Wunder.

Im 17. Jahrhundert ging der Churkinski-Utschug an das Astrakhaner Spaso-Transfiguration-Kloster über. Die Mönche lebten hier in der Kirche am Ufer des Flusses Churka. In den 70er Jahren des 17. Jahrhunderts kam hier ein neuer Einsiedler, der Henker Laryka, der, sich seiner Sünden bewusst, sich hierher zurückzog und sich eine Höhle grub. Er blieb im Gedächtnis der Menschen als Churka. Nach seinem Tod begannen andere Asketen, Höhlen im Hügel zu graben, und jetzt, so die Einheimischen, gibt es im Inneren des Hügels viele Gänge. Zu Beginn des 18. Jahrhunderts wurde die Nikolauskirche auf den „Hohen Berg“ verlegt, wie der Churkinski-Hügel genannt wurde. Im Jahr 1762 wurde die Churkinska-Wüste ein selbstständiges Kloster und erlebte eine Blütezeit unter Bischof Mephodij. Es wurden ein steinernes Gotteshaus und eine Umzäunung gebaut, das Kloster hatte einen reichen Garten und eine Herde von Pferden.

Das Kloster blühte bis 1806, als seine Fischereigewässer dem Staat entzogen wurden und das Kloster in Verfall geriet. Ein neuer Aufschwung war mit dem Archimandriten Eugen verbunden, der 1840 zum Abt wurde. Unter ihm erlangte die Churkinska-Wüste eine Bedeutung, die mit der Optina-Wüste vergleichbar war. Sein Nachfolger, Archimandrit Paisij, errichtete die Uspenski-Kathedrale und gab die Klostergewässer zurück. Paisij, ein Schüler der Glinna-Wüste, begann, die Klosterordnung an ihre strengen Regeln anzupassen. Sein Werk setzte Archimandrit Makariy Zhirov fort, der Mönche aus der Glinna-Wüste mitbrachte. Im Jahr 1910 wurde die Johannes-der-Vorläufer-Kapelle gegründet, deren Abt der Hieromönch Dosifej Kuzmin wurde.

Zu Beginn des 20. Jahrhunderts blühte das Kloster, es gab eine Ziegelfabrik, Werkstätten, Gärten und Vieh. Doch im Jahr 1919 wurde das Kloster geschlossen, und sein Besitz verfiel. Im Jahr 1930 wurden der Glockenturm und die Kathedrale abgerissen, und die Ziegel wurden für den Bau im Dorf Wolodarskij verwendet. Später befanden sich auf dem Klostergelände ein Internat, ein Sanatorium und Krankenhäuser. Zuletzt war hier eine psychiatrische Klinik, die Anfang der 1990er Jahre geschlossen wurde.