Le monastère a été fondé au cours de la première moitié du XVe siècle par le vénérable Macaire de Jeltovodsk et d'Unjensk. Le nom "Jeltovodski" est lié au lac Jaune, sur la rive duquel le saint Macaire a établi le monastère. Avec le temps, la Volga a changé son cours et a englouti le lac, ce qui a conduit le monastère à se retrouver sur ses rives. La cathédrale centrale est consacrée à la Sainte Trinité, c'est pourquoi le monastère est appelé Trinité. En 1439, le khan Oulu-Mouhammed a incendié le monastère, tuant les moines qui avaient occupé illégalement des terres étrangères, et a emmené le saint Macaire en captivité. Le khan, apprenant les vertus de Macaire, ordonna de le libérer. Après sa libération, Macaire demanda à libérer d'autres captifs, et 400 hommes ainsi que plusieurs femmes avec des enfants furent libérés. En rentrant chez eux, ils s'arrêtèrent sur la rive droite de l'embouchure de la rivière Sviyaga, où Macaire décida de fonder un nouveau monastère. Cependant, le khan de Kazan leur interdit de rester, et ils continuèrent leur chemin vers la terre de Galitch, s'arrêtant dans la ville d'Unja. Les habitants les accueillirent avec joie, mais il se retira dans un endroit désert à 15 verstes de la ville, où il fonda le nouveau monastère de Makariévo-Unjenski. Des personnes désireuses de mener une vie monastique affluèrent vers lui. Bientôt, le monastère fut organisé, mais en 1444, à l'âge de 95 ans, Macaire décéda. Avant sa mort, il avait légué la fondation d'un monastère sur la rive de l'embouchure de la rivière Sviyaga, mais ses successeurs ne purent pas immédiatement exécuter cette tâche.

Au monastère, Nikon a étudié le christianisme orthodoxe pendant huit ans, restant moine jusqu'en 1624. Les vieux croyants estiment que sur le chemin vers Unja, il fonda l'un des skits de Kérjenets, Oleniévski, qui se sépara au XVIIe siècle.

En 1620, Avraamiy de Mourom a rétabli le monastère à l'ancien emplacement, rassemblant la communauté monastique. À partir de ce moment, le monastère de Jeltovodski a connu un essor. Avraamiy est mort en 1640, après quoi un "Récit sur la restauration du monastère de Jeltovodski" a été écrit. Le monastère, situé sur la Volga navigable, est devenu le centre d'une foire appelée la foire de Makariévo, qui était la plus grande en Russie et peut-être en Europe. Les revenus du commerce ont contribué à la construction de bâtiments en pierre. Après la scission de l'Église, la rivière Kérjenets est devenue un bastion des vieux croyants. En 1817, pour des raisons politiques, la foire de Makariévo a été transférée à Nijni Novgorod, ce qui a conduit à un déclin du monastère, qui a bientôt été supprimé. En 1883, le monastère a été restauré en tant que monastère féminin, et en 1917, environ 300 sœurs y vivaient. À l'époque soviétique, le monastère a été fermé, ses murs abritant un orphelinat et un hôpital d'évacuation, et en 1943, il est devenu une partie du collège vétérinaire de Lyzkovo.

Depuis 1991, les bâtiments du monastère ont été transférés à l'Éparchie de Nijni Novgorod, et la même année, le monastère féminin de Makariévo-Jeltovodski a été rouvert, avec environ 25 moniales. En 2005, dans la cathédrale de l'Assomption, l'archevêque Georgiy a célébré la grande consécration de l'autel en l'honneur de la grande martyre Catherine. Le 7 août 2007, la précieuse tête du vénérable Macaire a été transférée au monastère de Makariévo depuis le monastère de l'Ascension de Pechery, et l'archevêque Georgiy a consacré la cathédrale de la Trinité.