El monasterio fue fundado en la primera mitad del siglo XV por el venerable Macario de Zheltovodsk y Unzhensky. El nombre "Zheltovodsky" está relacionado con el lago Amarillo, a orillas del cual el santo Macario estableció la comunidad. Con el tiempo, el Volga cambió su cauce y absorbió el lago, como resultado de lo cual el monasterio se encontró a su orilla. El catedral central está consagrada en honor a la Santísima Trinidad, por lo que el monasterio se llama Trinitario. En 1439, el kan Ulu-Mujammed quemó el monasterio, matando a los monjes que habían ocupado tierras ajenas, y llevó al santo Macario cautivo. El kan, al enterarse de las virtudes de Macario, ordenó liberarlo. Tras su liberación, Macario pidió que también se liberara a otros prisioneros, y 400 hombres y varias mujeres con niños fueron liberados. Al regresar a casa, se detuvieron en la orilla derecha de la desembocadura del río Sviyaga, donde Macario decidió fundar un nuevo monasterio. Sin embargo, el kan de Kazán les prohibió quedarse, y continuaron su camino hacia la tierra de Galich, deteniéndose en la ciudad de Unzha. Los habitantes locales recibieron a Macario con alegría, pero él se retiró a un lugar desierto a 15 verstas de la ciudad, donde fundó el nuevo monasterio de Zheltovodsky de Makario-Unzhensky. Atraídos por la vida monástica, pronto llegaron muchos. La comunidad fue organizada, pero en 1444, a los 95 años de edad, Macario falleció. Antes de morir, legó la fundación de un monasterio en la orilla de la desembocadura del río Sviyaga, pero sus seguidores no pudieron cumplir de inmediato con esta tarea.

En el monasterio, Nikon estudió ortodoxia durante ocho años, permaneciendo como novicio hasta 1624. Los viejos creyentes consideran que en su camino hacia Unzha fundó uno de los skits de Kerzhenets, el de Olenyevsky, que se separó en el siglo XVII.

En 1620, el muromliano Abrahami renovó el monasterio en el antiguo lugar, reuniendo a la comunidad monástica. A partir de este momento, comenzó el florecimiento del monasterio de Zheltovodsky. Abrahami murió en 1640, tras lo cual se escribió "La narración sobre la renovación del monasterio de Zheltovodsky". El monasterio, ubicado en el navegable Volga, se convirtió en el centro de una feria llamada Makaryevskaya, que fue la más grande en Rusia y, posiblemente, en Europa. Los ingresos del comercio contribuyeron a la construcción de edificios de piedra. Tras la división de la iglesia, el río Kerzhenets se convirtió en un bastión del viejo creyente. En 1817, por razones políticas, la feria de Makaryev fue trasladada a Nizhni Nóvgorod, lo que llevó a la decadencia del monasterio, que pronto fue abolido. En 1883, el monasterio fue restaurado como femenino, y para 1917, alrededor de 300 hermanas vivían en él. Durante la época soviética, el monasterio fue cerrado, y en sus muros se establecieron un hogar infantil y un hospital de evacuación, y en 1943 se convirtió en parte del instituto de veterinaria de Lysskovo.

Desde 1991, los edificios del monasterio fueron entregados a la Diócesis de Nizhni Nóvgorod, y ese mismo año se reabrió el monasterio femenino de Zheltovodsky de Makaryev, donde vivían alrededor de 25 monjas. En 2005, en la catedral de la Asunción, el arzobispo Georgiy realizó el rito de la Gran Consagración del Altar en honor a la gran mártir Catalina. El 7 de agosto de 2007, la honorable cabeza del venerable Macario fue trasladada al monasterio de Makaryev desde el monasterio de la Ascensión de Pechersk, y el arzobispo Georgiy consagró la catedral de la Trinidad.