Das Kloster wurde in der ersten Hälfte des 15. Jahrhunderts von dem heiligen Makariy von Gelbwasser und Unzha gegründet. Der Name "Gelbwasser" ist mit dem Gelben See verbunden, an dessen Ufer der heilige Makariy die Abtei gründete. Im Laufe der Zeit änderte die Wolga ihren Lauf und verschlang den See, wodurch das Kloster an ihrem Ufer lag. Die zentrale Kathedrale ist zu Ehren der Heiligen Dreifaltigkeit geweiht, weshalb das Kloster als Dreifaltigkeitskloster bezeichnet wird. Im Jahr 1439 verbrannte Khan Ulu-Muhammed das Kloster und tötete die Mönche, die unrechtmäßig fremdes Land besetzt hatten, und führte den heiligen Makariy in Gefangenschaft. Der Khan, als er von den Tugenden Makariys erfuhr, befahl, ihn zu befreien. Nach seiner Befreiung bat Makariy darum, auch die anderen Gefangenen freizulassen, und 400 Männer sowie einige Frauen mit Kindern wurden befreit. Auf dem Rückweg hielten sie am rechten Ufer der Mündung des Flusses Swiyaga an, wo Makariy beschloss, ein neues Kloster zu gründen. Doch der Khan von Kasan verbot ihnen zu bleiben, und sie setzten ihren Weg ins Land Galich fort, wo sie in der Stadt Unzha Halt machten. Die Einheimischen nahmen Makariy mit Freude auf, aber er zog sich an einen einsamen Ort 15 Werst von der Stadt zurück, wo er das neue Gelbwasser-Makariy-Unzha-Kloster gründete. Viele suchten das monastische Leben. Bald wurde die Abtei eingerichtet, aber 1444 starb Makariy im 95. Lebensjahr. Vor seinem Tod vermachte er die Gründung eines Klosters am Ufer der Mündung des Flusses Swiyaga, aber seine Nachfolger konnten diesen Auftrag nicht sofort erfüllen.

Im Kloster lernte Nikon acht Jahre lang die Orthodoxie und blieb bis 1624 Mönch. Die Altgläubigen glauben, dass er auf dem Weg nach Unzha eines der Kershenets-Kloster, das Olenewski, gründete, das im 17. Jahrhundert in die Spaltung ging.

Im Jahr 1620 erneuerte der Muraner Awraamij das Kloster an alter Stelle und versammelte die Mönchsgemeinschaft. Von diesem Zeitpunkt an begann die Blüte des Gelbwasserklosters. Awraamij starb 1640, nach dem das "Erzählung über die Erneuerung des Gelbwasserklosters" verfasst wurde. Das Kloster, das an der schiffbaren Wolga liegt, wurde zum Zentrum einer Messe, die Makariyevskaya genannt wurde, die die größte in Russland und möglicherweise in Europa war. Die Einnahmen aus dem Handel trugen zum Bau von Steingebäuden bei. Nach der Kirchenspaltung wurde der Fluss Kershenets zur Bastion der Altgläubigen. Im Jahr 1817 wurde die Makariyev-Messe aus politischen Gründen nach Nischni Nowgorod verlegt, was zum Niedergang des Klosters führte, das bald aufgelöst wurde. 1883 wurde das Kloster als Frauenkloster wiederhergestellt, und bis 1917 lebten dort etwa 300 Schwestern. In der Sowjetzeit wurde das Kloster geschlossen, in seinen Mauern wurden ein Waisenhaus und ein Evakuierungskrankenhaus untergebracht, und 1943 wurde es Teil des Lyskovo Zoo-Veterinärtechnikum.

Seit 1991 wurden die Gebäude des Klosters der Nischni Nowgoroder Diözese übergeben, und im selben Jahr wurde das Makariyev Gelbwasser Frauenkloster erneut eröffnet, in dem etwa 25 Nonnen lebten. Im Jahr 2005 vollzog Erzbischof Georgij im Uspenski-Kathedrale die Zeremonie der Großen Weihe des Altars zu Ehren der heiligen Märtyrerin Katharina. Am 7. August 2007 wurde der ehrwürdige Kopf des heiligen Makariy aus dem Pechersk-Ascension-Kloster ins Makariyev-Kloster übertragen, und Erzbischof Georgij weihte die Dreifaltigkeitskathedrale.