Selon une légende tardive, le monastère a été fondé vers 1330 par le mouja Tchet, qui, fuyant la Horde d'Or vers Ivan Kalita, a été baptisé à Moscou sous le nom de Zacharie. Ici, la Mère de Dieu lui est apparue avec l'apôtre Philippe et le saint martyr Hypatios de Gangres, ce qui a conduit à sa guérison. En remerciement, il a fondé le monastère. Les chercheurs modernes considèrent le mouja Tchet comme une figure mythique, et le "Récit du prince Tchet" comme une légende généalogique créée pour donner un statut princier à la famille Godounov. L'historien Stepan Veselovsky date la fondation du monastère à la fin du XIIIe siècle. D'abord, l'église de la Sainte-Trinité a été construite, puis l'église de la Nativité de la Vierge, plusieurs cellules et un mur en chêne. Autour se trouvaient des bâtiments résidentiels et économiques, tous en bois. Selon une version, le monastère a été fondé par le prince Vassili Iaroslavitch, frère d'Alexandre Nevski, qui préférait vivre à Kostroma. Les actions de Vassili Iaroslavitch sont également attribuées au légendaire prince Vassili Kvaschna. Selon une autre version, le monastère a été fondé par des Novgorodiens, car saint Hypatios était le patron des posadniks de Novgorod, et la rivière Kostroma servait de voie vers la Volga. Après la mort du prince Vassili et l'abolition du principauté de Kostroma, le monastère est passé sous la protection de la famille Godounov, qui s'est élevée au XVIe siècle. Les Godounov considéraient Zacharie comme leur ancêtre et devenaient les fondateurs du monastère. Ici se trouve la sépulture de la famille, y compris les tombes des parents de Boris Godounov. Pendant cette période, le monastère s'est développé activement. De 1586 à 1591, il a reçu des Godounov 1000 roubles et plusieurs villages. En 1600, le monastère était le quatrième plus grand propriétaire terrien en Russie, possédant plus de 400 villages. Avec les fonds de Dmitri Godounov, des murs en pierre avec des tours ont été construits et la cathédrale de la Trinité a été fondée. En 1564, la construction de l'église d'hiver de la Nativité de la Vierge a été achevée. En 1595 et 1597, un temple a été construit au-dessus des portes saintes. Les Godounov ont fait don de nombreux livres et objets d'église. Une atelier de peinture et une grande bibliothèque ont été créées dans le monastère. Grâce aux efforts des Godounov, à la fin du XVIe siècle, le monastère a acquis une importance dans la vie politique et spirituelle de la Russie. Il était appelé "la célèbre Laure", et au supérieur a été accordé le titre d'archimandrite en 1599.

Pendant le Temps des Troubles, le monastère a connu un déclin. Après l'appel du tsar Vassili Chouïski à l'aide, l'archimandrite Théodose et l'igoumène Arsène se sont rendus à Tushino en 1608 et ont prêté allégeance à Faux Dmitri II. Le monastère est tombé entre les mains de ses partisans. En février 1609, les Kostromiens se sont révoltés, mais n'ont pas pu prendre le monastère, protégé par de puissants murs et des canons. En avril, l'armée de Vassili Chouïski a commencé le siège, et ce n'est qu'en septembre 1609 que le monastère a été capturé. À l'automne 1612, le jeune Mikhaïl Romanov et sa mère y ont vécu. Le 13 mars 1613, une ambassade de l'Assemblée de la Terre est arrivée au monastère, ayant élu Mikhaïl tsar. Le 14 mars, une cérémonie d'invocation de Mikhaïl Romanov au trône a eu lieu dans la cathédrale de la Trinité, mettant fin au Temps des Troubles.

Le 23 novembre 1989, le premier service a eu lieu après la fermeture du monastère, et en 1991, la communauté monastique de la Sainte-Trinité d'Ipatyev a été enregistrée. En 1993, malgré les protestations, la communauté a reçu le territoire de la Nouvelle ville. En 2002, en raison de négligence, l'église de la Transfiguration du Sauveur de 1628 a brûlé. En 2004, par ordre du Président de la Russie, les bâtiments du monastère ont été transférés à l'Éparchie de Kostroma. Cela a suscité du mécontentement, car le musée-réserve est resté sans locaux. Le saint archimandrite du monastère est l'évêque Ferapont de Kashin, et son représentant, l'hiéromoine Pierre Erychalov.