Le monastère a été fondé en 1364, mais rien des premières constructions en bois n'a été conservé. L'apogée de la communauté est liée à Vassili III, qui au début du XVIe siècle a fait d'importantes donations pour la construction de la cathédrale de la Protection et des Portes Saintes, ainsi que, probablement, des cellules et des clôtures qui ne nous sont pas parvenues. L'une des premières détenues du monastère fut l'épouse de Vassili III, Solomonia Saburova, qui fut tonsurée sous le nom de Sophie en 1525 en raison d'accusations d'infertilité.

Plus tard, une légende est née selon laquelle Solomonia était enceinte au moment de sa tonsure et aurait donné naissance dans le monastère au tsarévitch Georgy, qui aurait grandi pour devenir le bandit Koudéiar. En 1934, le restaurateur A. D. Varganov a ouvert la tombe du supposé fils de Solomonia et n'y a trouvé qu'une chemise d'enfant. Cependant, l'historien Dmitri Volodikhine affirme que le protocole d'ouverture de la tombe est manquant, et les fouilles de 1996 ont montré que l'inhumation était impossible en raison du manque d'espace.

Dans la crypte du monastère sous la cathédrale de la Protection, les noms de nobles habitantes ont été conservés, tels que la fille d'Ivan III, Alexandra, l'épouse d'Ivan IV, Anna Vasilchikova, la première épouse de Vladimir Staritsky, Evdokiya Nagaya, Evpraksia Pozharskaya et la tsarévna Anastasia. La veuve de Vassili Chouisky, la tsarine Maria Bouynosova-Rostovskaya, y a également été enfermée avant de déménager au monastère Novodievitchi.

En 1551, après la mort de la fille d'Ivan le Terrible, l'église de la Sainte Conception a été reconstruite, remplaçant le bâtiment en bois du XIVe siècle. Au XVIIe siècle, une abside a été ajoutée, une cuisine a été construite et la construction de la clôture a continué.

En 1923, le monastère a été fermé et détruit. Depuis 1933, ses murs abritaient un laboratoire militaire de biologie, où des spécialistes détenus développaient des armes biologiques. En 1934, il a été transféré à l'institut biochimique de l'Armée rouge. En 1935, Nikolai Gaisky et Boris Elbert ont créé le premier vaccin liquide au monde contre la tularemie. Le laboratoire a fonctionné jusqu'en 1936.

Dans les années 1950-1960, les bâtiments du monastère ont été restaurés et sont devenus des expositions muséales. Dans les années 1980, un complexe touristique-hôtel avec restaurant et bar a été installé ici, et une salle de concert a été aménagée dans la cathédrale.

Depuis 1992, la vie monastique a été restaurée et le monastère est redevenu actif. Il possède la cathédrale, le bâtiment de l'hospice et des constructions économiques. Les cellules ont été reconstruites dans les années 1970. Le 22 avril 2020, l'éparchie de Vladimir a reçu en usufruit le bâtiment de l'ordre, le dernier bâtiment non transféré auparavant au monastère.