El monasterio fue fundado en 1364, pero de sus primeras construcciones de madera no ha quedado nada. El notable florecimiento de la comunidad está relacionado con Basilio III, quien a principios del siglo XVI donó importantes sumas para la construcción de la catedral de la Protección y las Puertas Sagradas, así como, probablemente, de las celdas y la cerca, que no han llegado hasta nosotros. Una de las primeras prisioneras del monasterio fue la esposa de Basilio III, Solomonia Saburova, quien fue vestida como monja con el nombre de Sofía en 1525 debido a acusaciones de infertilidad.

Más tarde surgió la leyenda de que Solomonia estaba embarazada durante su tonsura y dio a luz en el monasterio al príncipe Jorge, quien supuestamente creció y se convirtió en el bandido Kudeiar. En 1934, el restaurador A. D. Varganov abrió la tumba del supuesto hijo de Solomonia y solo encontró una camisa de niño. Sin embargo, el historiador Dmitry Volodikhin afirma que el protocolo de apertura de la tumba está ausente, y las excavaciones de 1996 mostraron que el entierro era imposible debido a la falta de espacio.

En la cripta del monasterio, bajo la catedral de la Protección, se han conservado los nombres de ilustres habitantes, como la hija de Iván III, Alexandra, la esposa de Iván IV, Anna Vasilchikova, la primera esposa de Vladimir Staritsky, Evdokiya Nagaya, Evpraksia Pozharskaya y la princesa Anastasia. Aquí también fue encarcelada la viuda de Basilio Shuisky, la reina María Buynosova-Rostovskaya, quien luego se trasladó al monasterio Novodévichy.

En 1551, tras la muerte de la hija de Iván el Terrible, se reconstruyó la iglesia de la Cena de la Anunciación, reemplazando la construcción de madera del siglo XIV. En el siglo XVII se le añadió una ábside, se construyó una cocina y continuó la construcción de la cerca.

En 1923, el monasterio fue cerrado y saqueado. Desde 1933, en sus muros se estableció un laboratorio biológico militar, donde prisioneros especialistas desarrollaban armas biológicas. En 1934, fue transferido al instituto bioquímico del RKKA. En 1935, Nikolai Gaisky y Boris Elbert crearon la primera vacuna líquida del mundo contra la tularemia. El laboratorio funcionó hasta 1936.

En las décadas de 1950 y 1960, los edificios del monasterio fueron restaurados y se convirtieron en exposiciones de museo. En la década de 1980, aquí se estableció un complejo turístico-hotelero con restaurante y bar, y en la catedral había una sala de conciertos.

Desde 1992, la vida monástica ha resurgido en el monasterio, y ha vuelto a ser operativo. En su posesión se encuentran la catedral, el edificio del asilo y las construcciones económicas. Las celdas fueron reconstruidas en la década de 1970. El 22 de abril de 2020, la diócesis de Vladimir recibió en usufructo la casa de mando, el último edificio que no había sido transferido anteriormente al monasterio.