Le monastère a été fondé par le vénérable Lucien d'Alexandrie le 10 septembre 1650, à l'endroit où en 1594 est apparue l'icône de la Mère de Dieu « Nativité de la Vierge », qui a ensuite reçu le nom de Lukianovskaya. Le premier supérieur fut lui-même Lucien, né en 1610 à Galitch. À l'âge de huit ans, il a été élevé dans le monastère sous la direction de son père. En 1640, Lucien a visité pour la première fois le site de la future abbaye et y a pris le monachisme, bien qu'il ait été expulsé trois fois par les habitants locaux. En 1646, au monastère de Tchoudovo à Moscou, le patriarche Joseph l'a ordonné prêtre. Avec le soutien des marchands moscovites, Lucien a construit l'église de la Nativité de la Vierge et des cellules pour les moines. En 1654, il a fondé le monastère féminin de l'Assomption de la Sainte Vierge à Alexandrov à la demande des marchands locaux. Lucien est décédé le 21 septembre 1655, et sa mémoire est célébrée le lendemain. Son œuvre a été poursuivie par le vénérable Cornelius, sous lequel le monastère est devenu connu pour son aspect spirituel et architectural. Cornelius a dirigé l'abbaye depuis 1657 et est mort le 24 août 1681. Le monastère a été soutenu par les tsars Théodore, Jean et Pierre Alexeïevitch, ainsi que d'autres membres de la famille royale. Jusqu'à la fin du XVIIe siècle, tous les bâtiments étaient en bois, mais entre 1680 et 1684, sur ordre du tsar Théodore Alexeïevitch, une église en pierre de la Sainte-Croix avec une chapelle de Théodore Stratilate a été construite. À la fin du siècle, la construction de cellules en pierre a commencé, en 1690 le bâtiment du Trésor a été érigé, en 1696 les cellules à pain et la salle de l'hôpital, et en 1712 la cathédrale de la Nativité de la Vierge, consacrée en présence des princesses Marfa et Théodora. En 1771, une chapelle a été érigée entre la cathédrale et l'église de la réfectoire au-dessus de la tombe de Lucien. En 1714, une église de Catherine a été construite près de la salle de l'hôpital. D'ici 1733, une clôture en pierre avec sept tours a été érigée autour du monastère. En 1771, l'icône de la Nativité de la Vierge a été glorifiée par un miracle : après une procession avec l'image autour d'Alexandrov, l'épidémie de peste a cessé. Depuis lors, la procession est devenue annuelle, et l'icône a acquis une large renommée sous le nom de « Lukianovskaya ». Au début du XIXe siècle, un nouveau bâtiment pour les frères et un hôtel ont été construits au sud du monastère. En 1894, l'intérieur de la cathédrale de la Nativité de la Vierge a été peint.

Le monastère possédait des usines de chevaux, de briques et de carreaux, ainsi que plusieurs moulins. Trois chapelles en bois sur la route de Moscou et près de Pereslavl appartenaient à la désert. À Moscou, près des portes de Sretensky, se trouvait une dépendance de l'abbaye. En 1922, le monastère a été fermé, les biens ont été emportés, et certaines icônes et reliques ont été détruites. La localisation de l'icône miraculeuse de la Nativité de la Vierge reste inconnue. Un foyer pour personnes âgées avec des sections pour les malades mentaux et les aveugles a été installé dans l'abbaye. En 1991, la désert de Lucien a été la première à se rétablir dans l'éparchie de Vladimir. En 1992, les reliques du vénérable Lucien ont été retrouvées et se trouvent maintenant dans l'église de l'Épiphanie. Les reliques du vénérable Cornelius ont été retrouvées en 1995 et placées dans l'église de la Trinité du monastère féminin de l'Assomption d'Alexandrov. En 1999, sur la bénédiction du patriarche Alexis II, une icône « Abbesse de la Sainte Montagne d'Athos » a été écrite pour l'abbaye. À ce moment-là, l'église de l'Épiphanie avait été entièrement rénovée. En 2001, la restauration de la cathédrale de la Nativité de la Vierge a commencé, mais s'est terminée uniquement par la restauration du toit, des dômes et des coupoles. En 2002, le mur sud, l'un des premiers bâtiments en pierre de 1718, a été restauré. En 2005, l'une des sept tours a été restaurée, et en 2011, une autre. Au début de 2008, l'archimandrite Dosifei, qui avait dirigé la désert de Lucien pendant 17 ans, a été transféré à la Mission spirituelle à Jérusalem. Il est décédé subitement le 13 mars 2009 d'une crise cardiaque. La cérémonie d'inhumation monastique a eu lieu le 18 mars au monastère Saint-Danilov, et il a été enterré au cimetière de Troekurovo à Moscou. En 2008, l'abbé de la désert de Lucien est devenu l'igoumène Tikhon.

Le 29 mai 2011, des célébrations ont eu lieu pour le 20e anniversaire de la renaissance de la désert de Saint-Lukian et du monastère féminin de l'Assomption d'Alexandrov. L'abbaye a été décorée de la médaille du saint prince André Bogolioubsky de premier degré pour son service assidu.