Das Kloster wurde am 10. September 1650 von dem heiligen Lukian von Alexandrow gegründet, an dem Ort, wo 1594 das Ikone der Gottesmutter "Geburt der Gottesmutter" erschien, die später den Namen Lukianowskaja erhielt. Der erste Abt war Lukian selbst, der 1610 in Galitsch geboren wurde. Seit seinem achten Lebensjahr wurde er im Kloster unter der Anleitung seines Vaters erzogen. 1640 besuchte Lukian zum ersten Mal den Ort des zukünftigen Klosters und nahm dort das Mönchtum an, obwohl er dreimal von den Einheimischen vertrieben wurde. 1646 wurde er im Chudow-Kloster in Moskau von Patriarch Joseph zum Priester geweiht. Mit Unterstützung der Moskauer Kaufleute baute Lukian die Kirche der Geburt der Gottesmutter und die Zellen für die Mönche. 1654 gründete er auf Bitten der örtlichen Kaufleute das Frauenkloster der Himmelfahrt der Heiligen Gottesmutter in Alexandrow. Lukian starb am 21. September 1655, und sein Gedenken wird am folgenden Tag gefeiert. Sein Werk setzte der heilige Kornilius fort, unter dem das Kloster für sein geistliches und architektonisches Erscheinungsbild bekannt wurde. Kornilius leitete die Abtei ab 1657 und starb am 24. August 1681. Das Kloster wurde von den Zaren Feodor, Ioann und Peter Alexejewitsch sowie anderen Mitgliedern der Zarenfamilie unterstützt. Bis zum Ende des 17. Jahrhunderts waren alle Gebäude aus Holz, aber zwischen 1680 und 1684 wurde auf Befehl von Zar Feodor Alexejewitsch die steinerne Speisehauskirche der Epiphanie mit einer Kapelle des Heiligen Theodor Stratilat erbaut. Am Ende des Jahrhunderts begann der Bau von steinernen Zellen, 1690 wurde das Schatzhaus errichtet, 1696 die Brot-Zellen und die Krankenstation, und 1712 die Kathedrale der Geburt der Gottesmutter, die in Anwesenheit der Zarewna Marfa und Theodosia geweiht wurde. 1771 wurde zwischen der Kathedrale und der Speisehauskirche eine Kapelle über dem Grab von Lukian errichtet. 1714 wurde bei der Krankenstation eine Kirche der Heiligen Katharina gebaut. Bis 1733 wurde um das Kloster eine steinerne Mauer mit sieben Türmen errichtet. 1771 wurde das Ikone der Geburt der Gottesmutter durch ein Wunder berühmt: Nach einem Kreuzgang mit dem Bild um Alexandrow endete die Pestepidemie. Seitdem wurde der Kreuzgang jährlich durchgeführt, und das Ikone erhielt große Bekanntheit als "Lukianowskaja". Zu Beginn des 19. Jahrhunderts wurde ein neuer Bruderschaftsbau und ein Hotel südlich des Klosters errichtet. 1894 wurde das Innere der Kathedrale der Geburt der Gottesmutter bemalt.

Das Kloster besaß Pferde-, Ziegel- und Fliesenfabriken sowie mehrere Mühlen. Zu den Wüsteneien gehörten drei hölzerne Kapellen an der Moskauer Straße und bei Pereslawl. In Moskau gab es ein Vorwerk des Klosters bei den Sretenski-Toren. 1922 wurde das Kloster geschlossen, das Eigentum wurde abtransportiert, ein Teil der Ikonen und Reliquien wurde zerstört. Der Standort des wundertätigen Ikone der Geburt der Gottesmutter ist bis heute unbekannt. Im Kloster wurde ein Altersheim mit Abteilungen für psychisch Kranke und Blinde eingerichtet. 1991 wurde die Lukianow-Wüste als erste in der Wladimirer Diözese wiederbelebt. 1992 wurden die Reliquien des heiligen Lukian gefunden, die sich jetzt in der Kirche der Epiphanie befinden. Die Reliquien des heiligen Kornilius wurden 1995 gefunden und in der Dreifaltigkeitskirche des Himmelfahrtsfrauenklosters in Alexandrow untergebracht. 1999 wurde auf den Segen von Patriarch Alexius II. auf dem Athos das Ikone "Äbtissin des Heiligen Berges Athos" für das Kloster geschrieben. Zu diesem Zeitpunkt war die Kirche der Epiphanie vollständig renoviert. 2001 begann die Restaurierung der Geburt der Gottesmutter-Kathedrale, die jedoch nur mit der Wiederherstellung des Daches, der Kuppeln und der Türme abgeschlossen wurde. 2002 wurde die südliche Wand, eines der ersten steinernen Gebäude von 1718, wiederhergestellt. 2005 wurde einer der sieben Türme wiederhergestellt, und 2011 ein weiterer. Anfang 2008 wurde der Archimandrit Dosifej, der 17 Jahre lang die Lukianow-Wüste geleitet hatte, in die Geistliche Mission in Jerusalem versetzt. Er starb plötzlich am 13. März 2009 an einem Herzinfarkt. Die monastische Beerdigungszeremonie fand am 18. März im Heiligen Danilow-Kloster statt, und er wurde auf dem Trojekurowo-Friedhof in Moskau beigesetzt. 2008 wurde der Abt der Lukianow-Wüste Igumen Tichon.

Am 29. Mai 2011 fanden Feierlichkeiten zum 20-jährigen Jubiläum der Wiederbelebung der Heilig-Lukianow-Wüste und des Heilig-Himmelfahrtsfrauenklosters in Alexandrow statt. Das Kloster wurde mit der Medaille des heiligen glorreichen Fürsten Andrej Bogoljubsky I. für treue Dienste ausgezeichnet.