El monasterio fue fundado por el venerable Lukian de Aleksandrov el 10 de septiembre de 1650 en el lugar donde en 1594 apareció la icono de la Madre de Dios "Nacimiento de la Virgen", que más tarde recibió el nombre de Lukianovskaya. El primer abad fue el propio Lukian, nacido en 1610 en Galich. Desde los ocho años fue educado en el monasterio bajo la guía de su padre. En 1640, Lukian visitó por primera vez el lugar de la futura comunidad y tomó allí el monacato, aunque fue expulsado tres veces por los lugareños. En 1646, en el monasterio Chudov de Moscú, el patriarca José lo ordenó sacerdote. Con el apoyo de comerciantes moscovitas, Lukian construyó la iglesia del Nacimiento de la Virgen y las celdas para los monjes. En 1654 fundó el monasterio femenino de la Asunción de la Virgen en Aleksandrov a petición de comerciantes locales. Lukian falleció el 21 de septiembre de 1655, y su memoria se celebra al día siguiente. Su obra fue continuada por el venerable Cornelio, bajo cuyo liderazgo el monasterio se hizo conocido por su aspecto espiritual y arquitectónico. Cornelio dirigió la comunidad desde 1657 y murió el 24 de agosto de 1681. El monasterio fue apoyado por los zares Teodoro, Juan y Pedro Alexéyevich, así como otros miembros de la familia real. Hasta finales del siglo XVII, todos los edificios eran de madera, pero entre 1680 y 1684, por orden del zar Teodoro Alexéyevich, se construyó la iglesia de piedra del almuerzo de la Epifanía con una capilla de Teodoro Estratilata. A finales de siglo comenzó la construcción de celdas de piedra, en 1690 se erigió el cuerpo del Tesoro, en 1696 las celdas de pan y la sala de hospital, y en 1712 la catedral del Nacimiento de la Virgen, consagrada en presencia de las princesas Marfa y Feodosia. En 1771, entre la catedral y la iglesia del almuerzo, apareció una capilla sobre la tumba de Lukian. En 1714, junto a la sala de hospital, se construyó la iglesia de Catalina. Para 1733, se levantó un muro de piedra alrededor del monasterio con siete torres. En 1771, la icono del Nacimiento de la Virgen se glorificó por un milagro: después de una procesión con la imagen alrededor de Aleksandrov, la epidemia de peste cesó. Desde entonces, la procesión se convirtió en anual, y la icono adquirió gran fama como "Lukianovskaya". A principios del siglo XIX se construyó un nuevo cuerpo de hermanos y un hotel al sur del monasterio. En 1894, el interior de la catedral del Nacimiento de la Virgen fue decorado.

El monasterio poseía fábricas de caballos, ladrillos y azulejos, así como varios molinos. La desierto tenía tres capillas de madera en la carretera de Moscú y cerca de Pereslavl. En Moscú, en las puertas de Sretensky, había una casa del monasterio. En 1922, el monasterio fue cerrado, los bienes fueron confiscados y algunas iconos y reliquias fueron destruidas. La ubicación de la milagrosa icono del Nacimiento de la Virgen sigue siendo desconocida. En la comunidad se estableció un hogar de ancianos con secciones para enfermos mentales y ciegos. En 1991, la desierto de Lukian fue la primera en la diócesis de Vladimir en renacer. En 1992, se encontraron las reliquias del venerable Lukian, que ahora se encuentran en la iglesia de la Epifanía. Las reliquias del venerable Cornelio fueron encontradas en 1995 y colocadas en la iglesia de la Trinidad del monasterio femenino de la Asunción de Aleksandrov. En 1999, por bendición del patriarca Alexis II, se escribió la icono "Abadesa de la Santa Montaña Athos" para la comunidad. Para entonces, la iglesia de la Epifanía había sido completamente restaurada. En 2001, comenzó la restauración de la catedral del Nacimiento de la Virgen, pero solo se completó la restauración del techo, las cúpulas y las cúpulas. En 2002, se restauró la pared sur, una de las primeras construcciones de piedra de 1718. En 2005, se restauró una de las siete torres, y en 2011, otra. A principios de 2008, el archimandrita Dosifei, quien había dirigido la desierto de Lukian durante 17 años, fue trasladado a la Misión Espiritual en Jerusalén. Falleció repentinamente el 13 de marzo de 2009 de un ataque al corazón. El rito de sepultura monástica se llevó a cabo el 18 de marzo en el monasterio de San Daniel, y fue enterrado en el cementerio Troekurov de Moscú. En 2008, el abad de la desierto de Lukian se convirtió en el igumen Tikhon.

El 29 de mayo de 2011, se llevaron a cabo celebraciones en honor del 20 aniversario de la resurrección de la desierto de San Lukian y del monasterio femenino de la Asunción de Aleksandrov. La comunidad fue galardonada con la medalla del santo príncipe Andrés el Piadoso de primer grado por su diligente servicio.