Le fondateur du monastère, Varsanofiy, a passé plusieurs années en captivité chez les Tatars de Crimée dans sa jeunesse, ce qui lui a permis de maîtriser la langue tatare, ce qui a conduit à son transfert à Kazan. D'autres moines du monastère de Nikolo-Peshnosh sont également arrivés à Kazan avec lui : Tikhon, Feodorite, Iov, Andronik, Silvestre, ainsi que le moine Siméon du monastère d'Andronikov.

À l'origine, le monastère avait deux églises en bois : l'église de la Transfiguration, construite sur un fondement en pierre avec un sous-sol en pierre, et l'église de Nicolas le Martyr, érigée en pierre dans les années 1560. L'église de Nicolas le Martyr a été construite en même temps que le niveau inférieur de la tour Spasskaya en calcaire de la Volga. C'était une petite église carrée à deux étages avec une longue salle à manger à l'ouest et une abside semi-circulaire à l'est, typique des églises novgorodiennes à dôme unique. Au premier étage se trouvaient la boulangerie et la prosfornia. En 1567, lorsque le premier livre de recensement de Kazan a été établi, l'église de Nicolas était déjà consacrée et ornée d'icônes.

Peu avant sa mort, le premier archevêque de Kazan, Guriy, a pris le grand schème dans la cathédrale en bois de la Transfiguration du monastère. Il a été enterré le 5 décembre 1563 derrière l'autel de la cathédrale de la Transfiguration, et sa tombe est devenue la première sur le cimetière du monastère Spaso-Transfiguration. Au cours des siècles suivants, de nombreux Kazanais célèbres, prêtres et professeurs de l'Académie spirituelle de Kazan, marchands et militaires, fonctionnaires ont été enterrés dans le nécropole de Spasskoye.

Sur la tombe du saint, à l'initiative du boyard Ivan Elizarovich Zastolbskiy, une « cage en pierre » a été construite. Après 12 ans de travail au monastère, l'archimandrite Varsanofiy est devenu évêque à Tver. En 1571, il est retourné à Kazan et s'est installé dans le monastère qu'il avait fondé. Le 11 avril 1576, Varsanofiy est décédé à l'âge de 81 ans et a été enterré à côté du saint Guriy.

En 1579, Kazan a souffert d'un incendie, et l'église en bois de la Transfiguration a brûlé. C'est alors que l'icône de Kazan de la Mère de Dieu a été retrouvée. En 1586, sur le site de l'incendie, la construction d'une nouvelle cathédrale en pierre de la Transfiguration a commencé, qui n'était pas inférieure à la cathédrale de l'Annonciation. Le nouveau temple a été construit sur le sous-sol en pierre de l'église en bois, qui a été conservé jusqu'à nos jours. En 1595, lors de la construction, il a fallu démolir la cage de Zastolbskiy, et ce jour-là, le 4 octobre, les reliques des saints Guriy et Varsanofiy ont été retrouvées et transférées à la cathédrale de la Transfiguration.

Pour les restes des moines Iona et Nektariy, une petite « grotte » en pierre a été construite devant l'autel de la nouvelle cathédrale. Plus tard, y ont trouvé le repos l'hiérarque grec Epiphane, archevêque de Jérusalem, le métropolite de Kazan Ephrem, les supérieurs du monastère Sergiy et Yeremey, l'évêque grec Arseni, ainsi que le prince I. E. Bagration-Davidov.

En 1901, une annexe a été réalisée du côté ouest de la cathédrale de la Transfiguration. Au début des années 1900, le futur missionnaire métropolite Nestor Anisimov a effectué son service au monastère.

Après la révolution de 1917, la destruction du monastère du Kremlin a commencé. Le 20 septembre 1918, le commandant rouge a annoncé que le Kremlin était fermé au public et devenait une ville militaire. Le 22 septembre, tous les temples du Kremlin ont été fermés. Les religieuses du monastère de Kazan ont retiré les reliques des cathédrales.

À l'époque soviétique, le territoire a été occupé par une unité militaire. Les tombes du nécropole ont été détruites, la cathédrale a été dynamitée, et l'église de Saint Cyprien et Justine a été démolie. Les fondations de certains bâtiments et le bâtiment du corps des frères ont été conservés. Sous une couche de gravier, le sous-sol de la cathédrale de la Transfiguration et sa « grotte » ont été préservés.

En 1995, lors des fouilles, les reliques d'Iona et Nektariy de Kazan, ainsi que celles du métropolite Ephrem, ont été retrouvées. Les reliques de Varsanofiy se sont retrouvées dans les réserves du musée après la révolution, et leur sort ultérieur est inconnu. Des détails du reliquaire du saint ont été conservés dans les fonds du Musée national du Tatarstan.

Jusqu'à présent, le corps des frères du monastère, le socle de la cathédrale de la Transfiguration, l'église reconstruite de Nicolas le Martyr, la clôture du monastère et les fondations de certains bâtiments ont été conservés.

Les voûtes en berceau et en croix du sous-sol de la cathédrale de la Transfiguration reposent sur les murs et quatre colonnes, la partie sous l'autel est séparée de la salle principale. Les murs et les voûtes sont en pierre blanche. La « grotte » voûtée derrière l'autel de la cathédrale a également été conservée.

Le sous-sol en pierre blanche du XVIe siècle de l'église de Nicolas le Martyr a été préservé. Le mur occidental de l'église repose sur le chemin de ronde entre les tours. Des sandricks décoratifs du XIXe siècle sur les fenêtres du deuxième étage ont été conservés.

Le bâtiment à deux étages du corps des frères a été restauré. Une galerie couverte relie une série de cellules. Un bâtiment de trois étages pour le trésor est adjacent avec une partie de la clôture. Les fenêtres en arc sont ornées de linteaux.

En 2006, l'archevêque Anastasiy a consacré une chapelle au cimetière d'Arsk en l'honneur du Sauveur Tout-Miséricordieux, où certaines sépultures trouvées lors des fouilles et de la reconstruction du Kremlin de Kazan ont été transférées.