Der Gründer des Klosters, Warsanofij, verbrachte in seiner Jugend mehrere Jahre in Gefangenschaft bei den Krimtataren, wodurch er die tatarische Sprache fließend beherrschte, was zu seiner Versetzung nach Kasan führte. Zusammen mit ihm kamen auch andere Mönche aus dem Nikolopeshnoskij-Kloster nach Kasan: Tichon, Feodorit, Joasaph, Andronik, Silvester sowie der Mönch Simeon aus dem Andronikow-Kloster.

Ursprünglich hatte das Kloster zwei hölzerne Kirchen: die Transfiguration, die auf einem steinernen Fundament mit einem steinernen Untergeschoss erbaut wurde, und die Kirche des heiligen Nikolaus, die in den 1560er Jahren aus Stein errichtet wurde. Die Kirche des heiligen Nikolaus wurde gleichzeitig mit dem unteren Geschoss des Spasskaja-Turms aus Wolga-Kalkstein erbaut. Es war eine kleine zweigeschossige quadratische Kirche mit einem langen Speisesaal im Westen und einem halbrunden Altarraum im Osten, ein typischer einheitlicher Tempel aus Nowgorod. Im Erdgeschoss befanden sich die Backstube und die Prosfornia. Im Jahr 1567, als das erste katzenische Katasterbuch erstellt wurde, war die Nikolauskirche bereits geweiht und mit Ikonen geschmückt.

Kurz vor seinem Tod nahm der erste katzenische Erzbischof Gurij im hölzernen Transfiguration-Kathedrale des Klosters die Mönchsweihe in der großen Schema an. Er wurde am 5. Dezember 1563 hinter dem Altar der Transfiguration-Kathedrale beigesetzt, und sein Grab wurde das erste auf dem Friedhof des Spaso-Transfiguration Klosters. In den folgenden Jahrhunderten wurden auf dem Spasski-Nekropol viele bekannte Kasaner, Priester und Professoren der Kasaner Geistlichen Akademie, Kaufleute und Militärs, Beamte beigesetzt.

Über dem Grab des Heiligen wurde auf Initiative des Boyaren Ivan Elizarovich Zastolbskij eine "Steinkapelle" errichtet. Nach 12 Jahren Arbeit im Kloster wurde der Archimandrit Warsanofij Bischof in Twer. Im Jahr 1571 kehrte er nach Kasan zurück und ließ sich in dem von ihm gegründeten Kloster nieder. Am 11. April 1576 starb Warsanofij im Alter von 81 Jahren und wurde neben dem heiligen Gurij beigesetzt.

Im Jahr 1579 wurde Kasan von einem Feuer heimgesucht, und die hölzerne Transfiguration-Kirche brannte nieder. Zu dieser Zeit wurde das Kasaner Ikone der Gottesmutter gefunden. Im Jahr 1586 begann man an der Stelle des Brandes mit dem Bau einer neuen steinernen Transfiguration-Kathedrale, die der Kathedrale der Verkündigung nicht nachstand. Der neue Tempel wurde auf dem steinernen Untergeschoss der hölzernen Kirche errichtet, die bis heute erhalten geblieben ist. Im Jahr 1595 musste beim Bau die Kapelle von Zastolbskij abgerissen werden, und am 4. Oktober wurden die Reliquien der Heiligen Gurij und Warsanofij gefunden, die in die Transfiguration-Kathedrale übertragen wurden.

Für die Überreste der Mönche Iona und Nektarij wurde vor dem Altar der neuen Kathedrale eine kleine steinerne "Höhle" errichtet. Später fanden dort auch der griechische Hierarch Epiphanius, der Erzbischof von Jerusalem, der katzenische Metropolit Efrem, die Vorsteher des Klosters Sergij und Jeremej, der griechische Bischof Arseni und der Fürst I. E. Bagration-Dawidov ihre Ruhe.

Im Jahr 1901 wurde auf der Westseite der Transfiguration-Kathedrale ein Anbau errichtet. In den frühen 1900er Jahren absolvierte der zukünftige Missionar Metropolit Nestor Anisimov im Kloster seine Ausbildung.

Nach der Revolution von 1917 begann die Zerstörung des Kremlklosters. Am 20. September 1918 erklärte der rote Kommandeur, dass der Kreml für die Bevölkerung geschlossen wird und zu einem Militärstädtchen wird. Am 22. September wurden alle Kremlkirchen geschlossen. Die Nonnen des Kasaner Gottesmutterklosters trugen die Heiligtümer aus den Kathedralen hinaus.

In der Sowjetzeit wurde auf dem Gelände eine Militäreinheit untergebracht. Die Grabsteine des Nekropol wurden zerstört, die Kathedrale gesprengt und die Kirche des heiligen Kyprian und Justina abgerissen. Die Fundamente einiger Gebäude und das Gebäude des Bruderschaftskorpus blieben erhalten. Unter einer Schicht aus Schotter blieb das Untergeschoss der Transfiguration-Kathedrale und ihre "Höhle" erhalten.

Im Jahr 1995 wurden während Ausgrabungen die Reliquien von Iona und Nektarij von Kasan sowie die des Metropoliten Efrem wiederentdeckt. Die Reliquien von Warsanofij landeten nach der Revolution in den Depots des Museums, ihr weiteres Schicksal ist unbekannt. In den Beständen des Nationalmuseums von Tatarstan sind Teile des Schreins des Heiligen erhalten geblieben.

Bis heute sind das Bruderschaftsgebäude des Klosters, das Sockel der Transfiguration-Kathedrale, die rekonstruierte Kirche des heiligen Nikolaus, die Klosterumfriedung und die Fundamente einiger Gebäude erhalten geblieben.

Die Gewölbe und Kreuzgewölbe des Untergeschosses der Transfiguration-Kathedrale ruhen auf Wänden und vier Säulen, der Altarbereich ist vom Hauptraum abgetrennt. Die Wände und Gewölbe sind aus weißem Stein errichtet. Auch die gewölbte "Höhle" hinter dem Altar der Kathedrale ist erhalten geblieben.

Das weiße Untergeschoss der Kirche des heiligen Nikolaus aus dem 16. Jahrhundert ist erhalten geblieben. Die Westwand der Kirche stützt sich auf den Kampfgang zwischen den Türmen. Die dekorativen Sandriken aus dem 19. Jahrhundert an den Fenstern des zweiten Geschosses sind erhalten geblieben.

Das zweigeschossige Gebäude des Bruderschaftskorpus wurde restauriert. Eine überdachte Galerie verbindet eine Reihe von Zellenräumen. An das Gebäude schließt sich ein dreigeschossiges Schatzhaus mit einem Teil der Umfriedung an. Die Bogenfenster sind mit Fensterrahmen verziert.

Im Jahr 2006 weihte Erzbischof Anastasij auf dem Arskij Friedhof eine Kapelle im Namen des Allbarmherzigen Erlösers, in die einige Gräber übertragen wurden, die bei den Ausgrabungen und der Rekonstruktion des Kasaner Kremls gefunden wurden.