El fundador del monasterio, Varsanofiy, pasó varios años en cautiverio con los tártaros de Crimea en su juventud, lo que le permitió dominar el idioma tártaro, lo que llevó a su traslado a Kazán. Junto a él, llegaron a Kazán otros monjes del monasterio de Nikolo-Peshnoshsky: Tikhon, Feodorit, Iov, Andronik, Silvestre, así como el monje Simeón del monasterio de Andronikov.

Inicialmente, el monasterio tenía dos iglesias de madera: la de la Transfiguración, construida sobre un cimiento de piedra con un sótano de piedra, y la iglesia de Nicolás el Guerrero, erigida en piedra en la década de 1560. La iglesia de Nicolás el Guerrero fue construida al mismo tiempo que el nivel inferior de la torre Spasskaya, hecha de piedra caliza del Volga. Era una pequeña iglesia cuadrada de dos pisos con un largo comedor al oeste y un ábside semicircular al este, un típico templo novgorodense de una sola cúpula. En el primer piso se encontraban el almacén de pan y la prosfornia. En 1567, cuando se elaboró el primer libro de registros de Kazán, la iglesia de Nicolás ya había sido consagrada y decorada con íconos.

Poco antes de su muerte, en la iglesia de madera de la Transfiguración del monasterio, el primer arzobispo de Kazán, Guriy, tomó el hábito en la gran esquima. Fue enterrado el 5 de diciembre de 1563 detrás del altar de la iglesia de la Transfiguración, y su tumba se convirtió en la primera en el cementerio del monasterio Spaso-Preobrazhensky. En los siglos siguientes, en el necrópolis de Spassky fueron enterrados muchos kazanos notables, sacerdotes y profesores de la Academia Teológica de Kazán, comerciantes y militares, funcionarios.

Sobre la tumba del santo, por iniciativa del boyardo Iván Elizarovich Zastolbsky, se construyó una "celda de piedra". Después de 12 años de trabajo en el monasterio, el archimandrita Varsanofiy se convirtió en obispo en Tver. En 1571 regresó a Kazán y se estableció en la comunidad que había fundado. El 11 de abril de 1576, Varsanofiy falleció a la edad de 81 años y fue enterrado junto al santo Guriy.

En 1579, Kazán sufrió un incendio, y la iglesia de madera de la Transfiguración se quemó. En ese momento, se encontró el ícono de Kazán de la Madre de Dios. En 1586, en el lugar del incendio, comenzaron a construir una nueva catedral de piedra de la Transfiguración, que no era inferior a la catedral de la Anunciación. El nuevo templo se construyó sobre el sótano de piedra de la iglesia de madera, que se ha conservado hasta nuestros días. En 1595, durante la construcción, fue necesario demoler la celda de Zastolbsky, y ese mismo día, el 4 de octubre, se encontraron las reliquias de los santos Guriy y Varsanofiy, que fueron trasladadas a la catedral de la Transfiguración.

Para los restos de los monjes Iona y Nektari, se construyó una pequeña "cueva" de piedra frente al altar de la nueva catedral. Más tarde, en ella encontraron descanso el jerarca griego Epifanio, arzobispo de Jerusalén, el metropolitano de Kazán Efrem, los superiores del monasterio Sergiy y Yeremey, el obispo griego Arseniy, así como el príncipe I. E. Bagration-Davydov.

En 1901, se realizó una adición en el lado occidental de la catedral de la Transfiguración. A principios de la década de 1900, el futuro misionero metropolitano Néstor Anisimov estaba realizando su obediencia en el monasterio.

Después de la revolución de 1917, comenzó la destrucción de la comunidad del Kremlin. El 20 de septiembre de 1918, un comandante rojo anunció que el Kremlin se cerraba a la población y se convertía en un asentamiento militar. El 22 de septiembre, se cerraron todas las iglesias del Kremlin. Las monjas del monasterio de la Madre de Dios de Kazán sacaron las reliquias de las catedrales.

En la época soviética, se estableció una unidad militar en el territorio. Las lápidas del necrópolis fueron destruidas, la catedral volada y la iglesia de San Cipriano y Justina demolida. Se conservaron los cimientos de algunos edificios y el edificio del cuerpo de hermanos. Bajo una capa de grava, se conservó el piso subterráneo de la catedral de la Transfiguración y su "cueva".

En 1995, durante las excavaciones, se encontraron nuevamente las reliquias de Iona y Nektari de Kazán, así como del metropolitano Efrem. Las reliquias de Varsanofiy, después de la revolución, se encontraron en los almacenes del museo, y su destino posterior es desconocido. En los fondos del Museo Nacional de Tatarstán se han conservado detalles del relicario del santo.

Hasta la fecha, se han conservado el cuerpo de hermanos del monasterio, el sótano de la catedral de la Transfiguración, la iglesia reconstruida de Nicolás el Guerrero, la cerca del monasterio y los cimientos de algunos edificios.

Las bóvedas de arista y de cruz del sótano de la catedral de la Transfiguración se apoyan en las paredes y cuatro columnas, la parte del altar está separada del espacio principal. Las paredes y bóvedas están hechas de piedra blanca. También se ha conservado la "cueva" abovedada detrás del altar de la catedral.

Se ha conservado el sótano de piedra blanca del siglo XVI de la iglesia de Nicolás el Guerrero. La pared occidental de la iglesia se apoya en el camino de combate entre las torres. Se han conservado los decorativos sándricos del siglo XIX en las ventanas del segundo piso.

Se ha restaurado el edificio de dos pisos del cuerpo de hermanos. Una galería cubierta une una serie de habitaciones de celdas. Al edificio se adosa una casa de tesorería de tres pisos con parte de la cerca. Las ventanas de arco están decoradas con marcos.

En 2006, el arzobispo Anastasio consagró en el cementerio de Arsk una capilla en nombre del Salvador Misericordioso, donde fueron trasladadas algunas tumbas encontradas durante las excavaciones y la reconstrucción del Kremlin de Kazán.