L'été 1619, des cosaques de Tobolsk, sous la direction de Maxim Troubchaninov, se sont rendus sur les terres des Tunguzi, où ils ont fondé le fort de Tungu. Cette première petite ville russe sur l'Enisey, construite par les cosaques de Troubchaninov, s'appelait d'abord Tungu, puis Kouznetsk, et ne reçut le nom de fort d'Enisey qu'ultérieurement.

La ville a été érigée sur la rive gauche de l'Enisey, sur une colline près de l'embouchure de la rivière Kemi. Dès les années 1620, elle a commencé à s'étendre, attirant des « gens de métier et des vagabonds », et a progressivement descendu la colline. Eniseysk est rapidement devenu un centre commercial et administratif d'une vaste région, d'où partaient de nouveaux groupes de pionniers. Les cosaques d'Enisey ont fondé des villes telles que Krasnoïarsk, Iakoutsk, Irkoutsk et Nerchinsk. Parmi eux se trouvait également Semyon Dezhnev. La ville est devenue non seulement un centre politique, mais aussi spirituel de la région. En 1642, ici, sur une haute colline verte à un demi-kilomètre de la ville, le monastère Spaso-Préobrazhensky a été fondé.

Selon la légende, dès 1592, un ermite, le moine Timofeï Ivanov, s'est installé dans ces lieux, autour duquel une petite communauté monastique s'est formée. En 1642, le monastère n'a pas été fondé, mais a seulement reçu « l'approbation des autorités supérieures » de l'archevêque de Tobolsk, Hérémy.

Le monastère d'Enisey est longtemps resté peu peuplé et pauvre, ses terres agricoles, moulins et pêches, ainsi que ses salines, ne rapportaient pas beaucoup de revenus. Tous les bâtiments du monastère sont restés en bois pendant plus de cent ans, et ce n'est qu'au cours des années 1730 que la construction en pierre a commencé.

La première structure en pierre du monastère fut la cathédrale Spassky, construite dans le style baroque sibérien et consacrée dans les années 1750. Plus tard, y furent ajoutés la chapelle Ilinskaya, l'église chaude de Pokrov et le clocher. La construction de la cathédrale a été réalisée par l'architecte du monastère de Dalmatov, Ioakinf Denisov, envoyé par le métropolite de Tobolsk pour former des artisans locaux. La cathédrale Spassky était conçue pour une petite communauté monastique. Ses icônes dorées sculptées ne se sont pas conservées. Un massif clocher octogonal est adjacent à la cathédrale. Il abritait la principale relique du monastère, l'icône « Sauveur Non-Fait de Main d'Homme ».

Entre 1780 et 1800, des portes saintes en pierre avec une église sur les portes de Zacharie et Élisabeth, une partie de la clôture et le bâtiment du supérieur ont été construits au monastère. L'église de Zacharie et Élisabeth, érigée entre 1785 et 1790 et consacrée en 1822, était l'une des principales verticales d'Eniseysk. En 1859-1860, de nouveaux iconostases, fabriqués avec les fonds du marchand A.S. Balandin, ont été installés dans l'église. Le monastère était entouré d'une clôture de 590 mètres, partiellement en pierre, partiellement en bois. Dans l'une des cellules du monastère, puis à l'hôpital local, le décembriste N.S. Bobritchev-Pouchkine a passé trois ans en détention.

Le monastère Spassky a longtemps été un important centre missionnaire et éducatif. Depuis 1780, il y avait une « école pour tous les états », qui a ensuite été transformée en école paroissiale.

À l'époque soviétique, le monastère a beaucoup souffert : l'intérieur des églises a été détruit, une partie des bâtiments a été ruinée, et ceux qui ont survécu ont été gravement endommagés.

La renaissance du monastère a commencé en 1990. Malgré le refus des autorités locales de contribuer à la restauration, le 6 décembre 1990, l'évêque d'Enisey et de Krasnoïarsk, Antoniy, a célébré le premier service archiépiscopal dans le monastère nouvellement ouvert.

Les difficultés de la renaissance du monastère sont attestées par des documents envoyés par l'évêque Antoniy aux instances civiles qui contrôlaient la restauration : « Le bâtiment, qui n'a pas attiré votre attention pendant des décennies et perd son apparence architecturale, a été reçu par le monastère dans un état barbarie. Imposer des amendes pour cette barbarie n'a pas de sens, tout comme empêcher le monastère de l'adapter à la vie ».

Depuis 1990, les fonctions de supérieur ont été exercées par l'hiéromoine Méthode Yessine. Par décret du Patriarche de Moscou et de toute la Russie Alexis du 3 août 1992, il a été confirmé comme supérieur du monastère renaissant avec élévation au rang d'igoumène. Le père Méthode est décédé le 3 octobre 2005 après une grave maladie.

Par décision du Saint-Synode du 6 octobre 2008, l'igoumène Nikanor Anfilatov a été nommé supérieur du monastère. Par décision du 13 juillet 2015, l'évêque d'Enisey et de Lesosibirsk Nikanor est devenu archimandrite du monastère.

Jusqu'en 2009, les services se déroulaient dans la chapelle de la Transfiguration, adjacente à la cathédrale Spassky. Actuellement, après la restauration du temple principal, trois autels ont été consacrés : au nom du Sauveur Tout-Miséricordieux, en l'honneur de la Décollation de la tête de saint Jean Baptiste et au nom du prophète Élie.