En el verano de 1619, los cosacos de Tobolsk, bajo el mando de Maxim Trubchaninov, se dirigieron a las tierras de los tunguses, donde fundaron el fuerte Tungusko. Esta primera ciudad rusa en el Yeniséi, construida por los cosacos de Trubchaninov, se llamó inicialmente Tunguska, luego Kuznetsk, y solo más tarde recibió el nombre de fuerte Yeniséisk.

La ciudad fue erigida en la orilla izquierda del Yeniséi, en una colina cerca de la desembocadura del río Kema. Ya en la década de 1620 comenzó a expandirse, atrayendo a "personas de oficio y vagabundos", y gradualmente descendió de la colina. Yeniseisk se convirtió rápidamente en un centro comercial y administrativo de una vasta región, desde donde partieron nuevos grupos de exploradores. Los cosacos yeniseisk fundaron ciudades como Krasnoyarsk, Yakutsk, Irkutsk y Nerchinsk. Entre ellos estaba Semen Dezhnev. La ciudad se convirtió no solo en un centro político, sino también espiritual de la región. En 1642, aquí, en una alta colina verde a medio kilómetro de la ciudad, se fundó el monasterio de Spaso-Preobrazhensky.

Según la leyenda, ya en 1592, un ermitaño, el monje Timofey Ivanov, se estableció en estos lugares, alrededor del cual se reunió una pequeña comunidad monástica. En 1642, el monasterio no fue fundado, sino que solo recibió "la aprobación de las autoridades superiores" del arzobispo de Tobolsk, Gerasim.

El monasterio de Yeniseisk permaneció durante mucho tiempo escasamente poblado y pobre; sus tierras agrícolas, molinos y pesquerías, así como las salinas, no generaban grandes ingresos. Todos los edificios del monasterio permanecieron de madera durante más de cien años, y solo en la década de 1730 comenzó la construcción de piedra.

La primera estructura de piedra del monasterio fue la catedral de Spassky, construida en el estilo del barroco siberiano y consagrada en la década de 1750. Posteriormente, se le añadieron la capilla de Ilyinsky, la cálida iglesia de Pokrovskaya y el campanario. En la construcción de la catedral participó el arquitecto del monasterio de Uspensky, Joakim Denisov, enviado por el metropolitano de Tobolsk para enseñar a los maestros locales. La catedral de Spassky estaba diseñada para la escasa comunidad monástica. Sus iconostasios tallados y dorados no se han conservado. Al lado de la catedral se encuentra un macizo campanario octogonal. En él se guardaba la principal reliquia del monasterio, el ícono "Salvador No Hecho por Mano Humana".

Entre 1780 y 1800, se construyeron en el monasterio las puertas sagradas de piedra con la iglesia de Zacarías y Elisabet, parte de la cerca y el edificio del abad. La iglesia de Zacarías y Elisabet, erigida entre 1785 y 1790 y consagrada en 1822, fue una de las principales verticales de Yeniseisk. En 1859-1860, se instalaron nuevos iconostasios en la iglesia, fabricados con fondos del comerciante A.S. Balandin. El monasterio estaba rodeado por una cerca de 590 metros, parcialmente de piedra y parcialmente de madera. En una de las celdas del monasterio, y luego en el hospital local, el decembrista N.S. Bobrishchev-Pushkin pasó tres años en prisión.

El monasterio de Spassky fue durante mucho tiempo un importante centro misionero y educativo. Desde 1780, existió una "escuela para todos los estamentos", que luego se transformó en una escuela parroquial.

Durante la época soviética, el monasterio sufrió gravemente: se destruyó la decoración interior de las iglesias, se arruinaron parte de los edificios y los que sobrevivieron quedaron gravemente dañados.

La resurrección del monasterio comenzó en 1990. A pesar de la falta de voluntad de las autoridades locales para ayudar en la restauración, el 6 de diciembre de 1990, el obispo de Krasnoyarsk y Yeniseisk, Antonio, celebró el primer servicio episcopal en la recién abierta comunidad.

Los documentos enviados por el obispo Antonio a las instancias civiles que controlaban la restauración dan testimonio de las dificultades de la resurrección: "El edificio, que durante décadas no ha atraído su atención y ha perdido su aspecto arquitectónico, ha sido recibido por el monasterio en un estado bárbaramente desfigurado. Imponer multas por esta barbarie no tiene sentido, al igual que obstaculizar al monasterio para adaptarlo a la vida".

Desde 1990, el deber de prior fue cumplido por el ieromonje Mefodiy Yesin. Por decreto del Patriarca de Moscú y de toda Rusia, Alexis, del 3 de agosto de 1992, fue confirmado como prior del monasterio renacido, siendo elevado al rango de igumen. El padre Mefodiy falleció el 3 de octubre de 2005 tras una grave enfermedad.

Por decisión del Santo Sínodo del 6 de octubre de 2008, el igumen Nikanor Anfilatov fue nombrado prior del monasterio. Por decisión del 13 de julio de 2015, el obispo de Yeniseisk y Lesosibirsk, Nikanor, se convirtió en el archimandrita del monasterio.

Hasta 2009, los servicios se celebraban en la capilla de Preobrazhensky, adosada a la catedral de Spassky. Actualmente, tras la restauración del templo principal, se han consagrado tres altares: en nombre del Salvador Misericordioso, en honor de la Decapitación de la cabeza de San Juan Bautista y en nombre del Profeta Elías.