Im Sommer 1619 zogen Kosaken aus Tobolsk unter der Führung von Maxim Trubtschaninov in die Ländereien der Tungusen, wo sie die Tunguska Festung gründeten. Diese erste russische Siedlung am Jenissei, erbaut von den Kosaken Trubtschaninovs, wurde zunächst Tunguski genannt, dann Kuznetski, und erhielt erst später den Namen Jenisseiskaja Festung.

Die Siedlung wurde am linken Ufer des Jenissei, auf einem Hügel in der Nähe der Mündung des Flusses Kema, errichtet. Bereits in den 1620er Jahren begann sie zu wachsen und zog „Handwerker und umherziehende Leute“ an, und allmählich bewegte sie sich den Hügel hinunter. Jenisseisk wurde schnell zu einem Handels- und Verwaltungszentrum einer weitläufigen Region, von wo aus neue Gruppen von Landdurchquerern aufbrachen. Die Jenissei-Kosaken gründeten Städte wie Krasnojarsk, Jakutsk, Irkutsk und Nerchinsk. Unter ihnen war auch Semjon Dezhnev. Die Stadt wurde nicht nur ein politisches, sondern auch ein spirituelles Zentrum der Region. 1642 wurde hier, auf einem hohen grünen Hügel einen halben Kilometer von der Stadt entfernt, das Spaso-Transfiguration Kloster gegründet.

Laut Legende ließ sich bereits 1592 an diesen Orten der Einsiedler, Mönch Timofej Ivanov, nieder, um den sich eine kleine Mönchsgemeinschaft versammelte. 1642 wurde das Kloster nicht gegründet, sondern erhielt lediglich „Bestätigung von den höheren Behörden“ vom Tobolsker Erzbischof Gerasim.

Das Jenissei-Kloster blieb lange Zeit dünn besiedelt und arm; seine Ländereien, Mühlen und Fischereien sowie Salzsiedereien brachten keinen großen Gewinn. Alle Gebäude des Klosters blieben über einhundert Jahre lang aus Holz, und erst in den 1730er Jahren begann der Steinbau.

Das erste steinerne Bauwerk des Klosters war die Spasski-Kathedrale, die im Stil des sibirischen Barock erbaut und in den 1750er Jahren geweiht wurde. Später wurden ihr die Iljinski-Kapelle, die warme Pokrowski-Kirche und der Glockenturm angefügt. An dem Bau der Kathedrale war der Architekt Joakim Denisov beteiligt, der vom Tobolsker Metropoliten geschickt wurde, um die einheimischen Meister auszubilden. Die Spasski-Kathedrale war für die kleine Klosterbruderschaft ausgelegt. Ihre geschnitzten, vergoldeten Ikonostasen sind nicht erhalten geblieben. An die Kathedrale schließt sich ein massiver achteckiger Glockenturm an. In ihm wurde die Hauptheiligkeit des Klosters, das Ikone „Spas Nerkutvorniy“, aufbewahrt.

In den Jahren 1780-1800 wurden im Kloster steinerne Heilige Tore mit der übertorigen Kirche von Zacharias und Elisabeth, ein Teil der Umfriedung und das Haus des Abtes erbaut. Die Kirche von Zacharias und Elisabeth, die in den Jahren 1785-1790 errichtet und 1822 geweiht wurde, war eine der Hauptvertikalen von Jenisseisk. In den Jahren 1859-1860 wurden in der Kirche neue Ikonostasen installiert, die mit Mitteln des Kaufmanns A.S. Balandin angefertigt wurden. Das Kloster war von einer Umfriedung von 590 Metern umgeben, teilweise aus Stein, teilweise aus Holz. In einer der Zellen des Klosters, später im örtlichen Krankenhaus, verbrachte der Dekabrist N.S. Bobritschev-Puschkin drei Jahre in Haft.

Das Spasski-Kloster war lange Zeit ein wichtiges missions- und bildungszentriertes Zentrum. Seit 1780 gab es dort eine „Schule für alle Stände“, die später in eine kirchliche Volksschule umgewandelt wurde.

In der Sowjetzeit litt das Kloster stark: Die Inneneinrichtung der Kirchen wurde zerstört, ein Teil der Gebäude wurde beschädigt, und die Überlebenden wurden stark in Mitleidenschaft gezogen.

Die Wiederbelebung des Klosters begann 1990. Trotz des Widerstands der örtlichen Behörden gegen die Wiederherstellung, fand am 6. Dezember 1990 die erste Bischofsmesse in der neu eröffneten Abtei statt, geleitet von Bischof Antonij von Krasnojarsk und Jenisseisk.

Die Schwierigkeiten bei der Wiederbelebung des Klosters belegen Dokumente, die Bischof Antonij an die zivilen Instanzen richtete, die die Wiederherstellung überwachten: „Das Gebäude, das jahrzehntelang Ihre Aufmerksamkeit nicht erregt hat und sein architektonisches Erscheinungsbild verliert, wurde dem Kloster in barbarisch entstelltem Zustand übergeben. Es macht keinen Sinn, Strafen für diese Barbarei zu verhängen, ebenso wenig wie das Kloster daran zu hindern, es für das Leben anzupassen.“

Seit 1990 hatte der Hieromönch Mefodij Jesin die Aufgaben des Abtes übernommen. Mit dem Dekret des Patriarchen von Moskau und ganz Russland Alexij vom 3. August 1992 wurde er zum Abt des wiederbelebten Klosters ernannt und in den Rang eines Igumen erhoben. Vater Mefodij starb am 3. Oktober 2005 nach einer schweren Krankheit.

Mit Beschluss des Heiligen Synods vom 6. Oktober 2008 wurde Igumen Nikanor Anfilatov zum Abt des Klosters ernannt. Mit Beschluss vom 13. Juli 2015 wurde der Bischof von Jenisseisk und Lesosibirsk Nikanor zum heiligen Archimandriten des Klosters.

Bis 2009 fanden die Gottesdienste in der zur Spasski-Kathedrale angebauten Transfiguration-Kapelle statt. Derzeit, nach der Wiederherstellung des Haupttempels, wurden drei Altäre geweiht: im Namen des Allbarmherzigen Spas, zu Ehren der Enthauptung des hl. Johannes des Täufers und im Namen des Propheten Elia.