L'église de la Conception a été construite en 1686. Le temple en pierre, érigé par le métropolite Ion dans l'honneur de la Sainte Trinité comme cathédrale du monastère de Yakovlevsky, a été décoré de fresques en 1689-1690 par des maîtres de Yaroslavl, probablement sous la direction de Dmitri Grigoriev Plekhanov. La décoration répétait principalement les techniques iconographiques établies dans les églises métropolitaines de Rostov entre 1670 et 1680. Les murs étaient divisés en cinq niveaux. Dans les quatre niveaux inférieurs, la vie terrestre du Christ était représentée, principalement selon l'Évangile de Matthieu. Dans un coin de l'église, au niveau inférieur, où se trouvait la tombe de saint Jacques de Rostov, des scènes de la naissance et de la mort du fondateur du monastère ont été ajoutées. Les lunettes supérieures des murs étaient occupées par un niveau avec des scènes de l'histoire de la Sainte Trinité. Les voûtes représentaient des fêtes, et sur la barrière de l'autel, directement sur le mur, se trouvait l'iconostase. La palette des fresques est maintenue dans une gamme verdâtre-ocre caractéristique de Plekhanov. Certains médaillons se distinguent par des proportions précises et un schématisme. À gauche, les apôtres sont généralement représentés, et à droite, le Christ accomplissant un miracle. Sur les colonnes, des figures de martyrs sont peintes, sur les arcs inférieurs, des chérubins rouges, et sur les arcs supérieurs, des apôtres. Le système de peinture de l'autel est inhabituel pour les églises de Rostov et plus proche des traditions de Yaroslavl. Dans la conque de l'autel, au lieu de « la Grande Entrée » et du « Agneau dans le calice », est représentée la « Louange de la Mère de Dieu ». Dans la conque du diaconat, au lieu des « Sept Sacrements », une demi-figure de Sabaoth, bénissant de deux mains. Sur le mur de l'autel, où l'on représente généralement dans les églises de Rostov « le Repos de Dieu », sont écrits « Sagesse de Dieu » et « La Fraction du Pain par l'apôtre Pierre ». Sur les colonnes et les saillies des absides de l'autel, des médaillons montrent des figures de l'Église universelle et russe, telles que Grégoire, évêque d'Arménie, et Étienne de Sourie, entre autres. Une partie importante de l'autel est consacrée au cycle des « Passions du Christ ». Le diaconat est séparé de l'autel par une barrière en pierre, sur le côté ouest de laquelle est représenté « l'Arbre de Jessé », et sur le côté est, « la Mère de Dieu de la Signification ». Dans l'apside du diaconat, des archidiacres sont représentés, et dans l'autel central, des saints universels et des patriarches. En 1778, l'atelier des iconographes de Rostov, dirigé par Andreï Matveev, a renouvelé la décoration de l'église. La restauration a été réalisée sous la supervision de l'hiéromoine Amphiloque, qui, dans les années 1770, a restauré les cathédrales du Kremlin de Moscou sur ordre de Catherine II. Amphiloque est enterré sur le parvis de l'église de la Conception, à côté de son neveu, l'archimandrite Innocent. Entre 1761 et 1764, les sculpteurs Sissoy Izotov Sholomotov et Stepan Nikitin Bochkarev ont créé un magnifique iconostase à cinq niveaux, remplaçant l'iconostase initiale d'Iona Sisyovich. L'iconostase est décoré de frontons semi-ronds, de colonnes, de grappes de raisin et de chérubins et est considéré comme l'une des meilleures œuvres du baroque russe. Il se termine par un groupe de « l'Ascension » avec le Christ sur fond de nuages et d'anges. Entre 1776 et 1779, l'iconostase a été dorée par Ivan Danilov Santeev, qui a également créé des baldaquins sculptés au-dessus des tombes des saints Jacques et Dimitri de Rostov. Les icônes pour l'iconostase ont été peintes en 1780 par le peintre de cour de Catherine II, Venedikt Venderski. Parmi les objets du temple, il y a le reliquaire en argent de saint Dimitri de Rostov avec une inscription de M. V. Lomonossov, don de l'impératrice Élisabeth Petrovna. Au XIXe siècle, une peinture extérieure a été réalisée sur les frontons des parvis des églises de la Conception et de Yakovlev. Les figures du Christ, de Jacques et de Dimitri ont été peintes en 1826 par l'iconographe de Rostov N. D. Gladkov, et les médaillons représentant « la Conception de sainte Anne » et « la Sainte Trinité » en 1827 par l'artiste du monastère V. A. Ptishnikov.