Le 4 mars 1920, la commission du département de l'éducation populaire du district de Krasnokokshaysk a décidé de créer un musée central à Krasnokokshaysk. Déjà le 3 avril de la même année, le musée a ouvert ses portes aux visiteurs dans le bâtiment situé au 32 rue Sovetskaya. Le 17 octobre 1921, la commission de l'éducation populaire de la région autonome marie a décidé de transformer le musée de district en musée régional d'histoire locale. Le professeur de langue marie et d'ethnographie du collège pédagogique marie, F. E. Egorov, a été nommé directeur.

Le musée s'est installé dans le bâtiment du collège, mais en 1922, le soutien de l'État a cessé et le musée a été fermé. Tous les objets ont été transférés au département ethnographique du collège. Le musée a recommencé à fonctionner le 5 décembre 1924, restant temporairement dans le cabinet ethnographique du collège.

Sur recommandation du congrès des enseignants de la région autonome marie, un enseignant, Timofey Evseevich Evseev, a été envoyé au musée pour commencer à rassembler du matériel ethnographique parmi les maris.

En 1925, le musée a été nommé musée central marie. Au début de 1927, il a été transféré dans un petit bâtiment en pierre séparé. En 1930, le musée occupait un bâtiment en pierre de plain-pied, où les salles d'exposition étaient situées dans trois pièces.

En juin 1932, le musée a déménagé dans un bâtiment d'église fermé, où il a pu organiser une exposition à court terme. Après une rénovation complète du bâtiment de l'église en 1934, des conditions ont été créées pour restaurer la valeur historique du musée, un étage a été aménagé pour la galerie d'art.

Le musée a collaboré avec le musée central d'ethnographie de Moscou, l'institut d'histoire locale de Vyatka et le musée ethnographique d'Helsinki en Finlande.

Depuis février 1934, Timofey Evseev est devenu directeur du musée. Après la transformation de la région autonome marie en république socialiste soviétique autonome marie, le musée est passé sous la direction du Commissariat du peuple à l'éducation de la république socialiste soviétique autonome marie. En 1937, le musée a déménagé dans un nouveau bâtiment. Depuis le 20 janvier 1939, le musée a rouvert après une réorganisation avec des départements de la nature, de l'histoire et de la construction socialiste.

De 1941 à 1946, le musée a été temporairement fermé, et ses fonds ont été déplacés et stockés dans un petit bâtiment en pierre du kolkhoze du district de Ronginsky de la république socialiste soviétique autonome marie.

En 1946, le musée a été nommé musée scientifique et d'histoire locale marie et a été placé sous l'administration des affaires des établissements culturels et éducatifs auprès du Conseil des ministres de la république socialiste soviétique autonome marie. La même année, le musée a reçu son bâtiment actuel de deux étages.

Cette année-là, l'archéologue P. N. Starostin et le directeur adjoint pour la partie scientifique B. V. Babushkin ont créé la première exposition scientifique sur l'archéologie, et en 1969, une exposition intitulée « La nature de la république socialiste soviétique autonome marie » a été développée par N. V. Ivanov.

En 1975, une exposition « Art populaire marie » a eu lieu dans la ville de Tartu en République socialiste soviétique d'Estonie, où plus de 200 objets ont été présentés. En 1987, pour la première fois à l'étranger, dans la ville de Sombathely en République populaire hongroise, le musée a organisé une exposition « Art populaire marie », dont les objets ont été offerts au musée d'histoire de Sombathely.

À l'initiative de la directrice M. B. Matukova, par un décret du gouvernement de la République de Mari El du 4 août 1992, le musée a été rebaptisé musée national de la République de Mari El, obtenant le statut de « national » et le nom de son fondateur, Timofey Evseev.

En 2003, le musée a été rénové.

En février 2007, le 120e anniversaire de la naissance de Timofey Evseevich Evseev a été célébré. De nouvelles expositions ont été créées : « Rituels du cycle de la vie : culture traditionnelle du peuple mari des XIXe et XXe siècles », « Le monde étonnant des animaux. Territoires naturels protégés de la République de Mari El », « Pages de l'histoire de la région marie depuis les temps anciens jusqu'aux années 80 du XXe siècle ».

En décembre 2014, pour le projet de recherche scientifique « Exposition caravane « Trois totems », les employés du département d'ethnographie du musée ont reçu des titres honorifiques de lauréats du Prix d'État de la jeunesse de la République de Mari El dans le domaine de la littérature, de la culture et de l'art nommé d'après Olyka Ipaya. La remise des prix a eu lieu en janvier 2015 au Palais du gouvernement de la République de Mari El.

Le 20 juillet 2017, lors d'une visite à Yoshkar-Ola pour participer à une réunion du Conseil des relations interethniques auprès du Président de la Russie, le musée a été visité par le Président de la Russie, V. V. Poutine.

En mars 2020, pour le centenaire du musée, une présentation de nouveaux produits et services a eu lieu sur le site du musée d'histoire et d'archéologie. Un album de présentation « Terre marie, charme de la Russie » a été présenté avec une application mobile « Je suis ici : Mari El » pour iOS et Android. De nouvelles possibilités de participation des entreprises au développement de la culture de la République de Mari El et à la création de clusters culturels ont été discutées. Les participants comprenaient des représentants d'entreprises intéressés par l'élargissement des canaux de marketing et de nouvelles approches de la culture d'entreprise.

Le bâtiment du musée est un monument d'architecture d'importance régionale.

Construit en 1903 comme maison d'arrêt, il a ensuite servi de rabfak, et pendant la Seconde Guerre mondiale, il a abrité l'Institut d'optique d'État de Leningrad, où travaillait l'académicien Sergey Ivanovich Vavilov. Le musée occupe le bâtiment depuis 1946. En 1960, à l'occasion du jubilé de la république, le bâtiment a été rénové, avec l'ajout d'un troisième étage et la construction d'une aile droite.

Le bâtiment forme le front de construction du côté est de la rue Sovetskaya. Il s'agit d'une construction rectangulaire en brique de trois étages avec un ressaut du côté est. Le décor de la façade utilise des bossages, des corniches profilées, des bandes de cannelures dans les murs des fenêtres du 2e et 3e étages, et des ornements sous forme de motifs nationaux maris.