El 4 de marzo de 1920, la colegiatura del departamento de educación popular del distrito de Krasnokokshaysk decidió crear un museo central en Krasnokokshaysk. Ya el 3 de abril de ese mismo año, el museo abrió sus puertas a los visitantes en un edificio en la calle Sovietskaya, 32. El 17 de octubre de 1921, la colegiatura de educación popular de la región autónoma de Mari decidió transformar el museo del distrito en un museo regional de historia local. El director fue nombrado el profesor de lengua mari y etnografía del Instituto Pedagógico de Mari, F. E. Yegorov.

El museo se ubicó en el edificio del instituto, pero en 1922, el apoyo estatal se detuvo y el museo fue cerrado. Todos los objetos fueron transferidos para su almacenamiento al departamento de etnografía del instituto. El museo volvió a abrir el 5 de diciembre de 1924, permaneciendo temporalmente en el gabinete de etnografía del instituto.

Por recomendación del congreso de maestros de la región autónoma de Mari, se envió al museo al maestro Timofey Yevseyevich Yevseev, quien comenzó a recopilar material etnográfico entre los mari.

En 1925, el museo recibió el nombre de Museo Central Mari. A principios de 1927, fue trasladado a un pequeño edificio de piedra separado. En 1930, el museo ocupaba un edificio de una planta de piedra, donde las salas de exposición estaban ubicadas en tres habitaciones.

En junio de 1932, el museo se mudó a un edificio de una iglesia cerrada, donde se pudo realizar una exposición a corto plazo. Después de la renovación capital del edificio de la iglesia en 1934, se crearon condiciones para restaurar el valor histórico del museo, equipando un piso para la galería de arte.

El museo colaboró con el Museo Central de Etnografía de Moscú, el Instituto de Historia Local de Vyatka y el Museo Etnográfico de Helsinki en Finlandia.

Desde febrero de 1934, Timofey Yevseev se convirtió en director del museo. Tras la transformación de la región autónoma de Mari en la República Autónoma de Mari, el museo pasó a estar bajo la supervisión del Comisariado del Pueblo de Educación de la República Autónoma de Mari. En 1937, el museo se trasladó a un nuevo edificio. Desde el 20 de enero de 1939, el museo reabrió tras la reorganización con departamentos de naturaleza, historia y construcción socialista.

Desde 1941 hasta 1946, el museo fue cerrado temporalmente, y sus fondos fueron trasladados y almacenados en un pequeño edificio de piedra del koljós del distrito de Ronginsky de la República Autónoma de Mari.

En 1946, el museo recibió el nombre de Museo Científico y de Historia Local de Mari y pasó a depender de la Administración de Asuntos de Instituciones Culturales y Educativas del Consejo de Ministros de la República Autónoma de Mari. Ese mismo año, se le asignó el actual edificio de dos plantas.

Ese mismo año, el arqueólogo P. N. Starostin y el subdirector de la parte científica B. V. Babushkin crearon la primera exposición científica sobre arqueología, y en 1969 apareció la exposición "La naturaleza de la República Autónoma de Mari", desarrollada por N. V. Ivanov.

En 1975, en la ciudad de Tartu de la República Socialista Soviética de Estonia, se llevó a cabo la exposición "Arte popular mari", donde se presentaron más de 200 objetos. En 1987, por primera vez en el extranjero, en la ciudad de Szombathely de la República Popular de Hungría, el museo organizó la exposición "Arte popular mari", cuyos objetos fueron donados al Museo de Historia de Szombathely.

Por iniciativa de la directora M. B. Matukova, mediante una resolución del Gobierno de la República de Mari El del 4 de agosto de 1992, el museo fue renombrado como Museo Nacional de la República de Mari El, obteniendo el estatus de "nacional" y el nombre de su fundador Timofey Yevseev.

En 2003, el museo fue renovado.

En febrero de 2007, se celebró el 120 aniversario del nacimiento de Timofey Yevseevich Yevseev. Se crearon nuevas exposiciones: "Rituales del ciclo de vida: cultura tradicional del pueblo mari de los siglos XIX y XX", "El asombroso mundo de los animales. Áreas naturales especialmente protegidas de la República de Mari El", "Páginas de la historia de la región de Mari desde tiempos antiguos hasta los años 80 del siglo XX".

En diciembre de 2014, por el proyecto de investigación científica "Exposición de caravanas 'Tres tótems'", los empleados del departamento de etnografía del museo recibieron títulos honorarios de laureados del Premio Estatal de Juventud de la República de Mari El en el campo de la literatura, cultura y arte en nombre de Olyka Ipaya. La entrega de premios tuvo lugar en enero de 2015 en la Casa del Gobierno de la República de Mari El.

El 20 de julio de 2017, durante una visita a Yoshkar-Ola para participar en una reunión del Consejo de Relaciones Interétnicas bajo el Presidente de Rusia, el museo fue visitado por el Presidente de Rusia, V. V. Putin.

En marzo de 2020, con motivo del centenario del museo, se realizó una presentación de nuevos productos y servicios en el Museo de Historia y Arqueología. Se presentó un álbum de presentación "Tierra mari, encanto de Rusia" con una aplicación móvil "Estoy aquí: Mari El" para iOS y Android. Se discutieron nuevas oportunidades para la participación empresarial en el desarrollo de la cultura de la República de Mari El y la creación de clústeres culturales. Los participantes incluyeron representantes de empresas interesadas en expandir los canales de marketing y nuevos enfoques para la cultura corporativa.

El edificio del museo es un monumento arquitectónico de importancia regional.

Construido en 1903 como una casa de arresto, más tarde sirvió como facultad de trabajo, y durante la Gran Guerra Patriótica, aquí se ubicó el Instituto Óptico Estatal de Leningrado, donde trabajó el académico Sergey Ivanovich Vavilov. El museo ocupa el edificio desde 1946. En 1960, con motivo del aniversario de la república, se renovó el edificio, añadiendo un tercer piso y construyendo un ala derecha.

El edificio forma el frente de construcción del lado este de la calle Sovietskaya. Es una construcción rectangular de tres pisos de ladrillo con un rizalito en el lado este. En la decoración de la fachada se utilizaron rustificaciones, cornisas perfiladas, bandas de canaladuras en los intersticios de las ventanas del 2º y 3º pisos, y adornos en forma de ornamentación nacional mari.