Am 4. März 1920 beschloss das Kollegium der Abteilung für Volksbildung des Kreises Krasnokokshaisk, ein zentrales Museum in Krasnokokshaisk zu gründen. Bereits am 3. April desselben Jahres öffnete das Museum seine Türen für Besucher in einem Gebäude in der Sowjetstraße 32. Am 17. Oktober 1921 beschloss das Kollegium für Volksbildung der Mariischen Autonomen Region, das Kreismuseum in ein regionales Heimatmuseum umzuwandeln. Zum Leiter wurde der Lehrer für die mariische Sprache und Ethnographie am Mariischen Pädagogischen Technikum, F. E. Egorov, ernannt.

Das Museum befand sich im Gebäude des Pädagogischen Technikum, aber 1922 endete die staatliche Unterstützung, und das Museum wurde geschlossen. Alle Exponate wurden zur Aufbewahrung in die ethnographische Abteilung des Technikum übergeben. Das Museum nahm am 5. Dezember 1924 wieder seine Arbeit auf und blieb vorübergehend im ethnographischen Kabinett des Technikum.

Auf Empfehlung des Lehrerkongresses der Mariischen Autonomen Region wurde der Lehrer Timofey Evseevich Evseev in das Museum entsandt, der begann, ethnographisches Material unter den Mari zu sammeln.

1925 erhielt das Museum den Namen Zentrales Mariisches Museum. Anfang 1927 wurde es in ein separates kleines Steingebäude verlegt. 1930 befand sich das Museum in einem einstöckigen Steingebäude, in dem die Ausstellungsräume in drei Zimmern untergebracht waren.

Im Juni 1932 zog das Museum in ein Gebäude einer geschlossenen Kirche um, wo es gelang, eine kurzfristige Ausstellung durchzuführen. Nach einer umfassenden Renovierung des Kirchengebäudes im Jahr 1934 wurden Bedingungen geschaffen, um den historischen Wert des Museums wiederherzustellen, und eine Etage für die Gemäldegalerie wurde eingerichtet.

Das Museum arbeitete mit dem Moskauer Zentralmuseum für Völkerkunde, dem Wjatka-Institut für Heimatkunde und dem ethnographischen Museum in Helsinki, Finnland, zusammen.

Seit Februar 1934 war Timofey Evseev Direktor des Museums. Nach der Umwandlung der Mariischen AO in die Mariische ASSR unterstand das Museum dem Volkskommissariat für Bildung der Mariischen ASSR. 1937 zog das Museum in ein neues Gebäude um. Am 20. Januar 1939 öffnete das Museum nach der Reorganisation erneut mit Abteilungen für Natur, Geschichte und sozialistischen Aufbau.

Von 1941 bis 1946 wurde das Museum vorübergehend geschlossen, und seine Bestände wurden in einem kleinen Steingebäude des Kolchoses im Ronginsky-Distrikt der Mariischen ASSR gelagert.

1946 erhielt das Museum den Namen Mariisches Wissenschafts- und Heimatmuseum und unterstand der Verwaltung für kulturelle und aufklärerische Einrichtungen beim Ministerrat der Mariischen ASSR. In diesem Jahr wurde dem Museum das heutige zweigeschossige Gebäude zugewiesen.

In demselben Jahr schufen der Archäologe P. N. Starostin und der stellvertretende Direktor für wissenschaftliche Angelegenheiten B. V. Babushkin die erste wissenschaftliche Ausstellung zur Archäologie, und 1969 entstand die Ausstellung „Natur der Mariischen ASSR“, die von N. V. Ivanov entwickelt wurde.

1975 fand in der Stadt Tartu der Estnischen SSR die Ausstellung „Mariische Volkskunst“ statt, bei der über 200 Exponate präsentiert wurden. 1987 organisierte das Museum erstmals im Ausland, in der Stadt Szombathely der Ungarischen Volksrepublik, die Ausstellung „Mariische Volkskunst“, deren Exponate dem Museum für Geschichte von Szombathely geschenkt wurden.

Auf Initiative der Direktorin M. B. Matukova wurde das Museum durch einen Beschluss der Regierung der Republik Mari El vom 4. August 1992 in Nationalmuseum der Republik Mari El umbenannt, erhielt den Status „national“ und den Namen des Gründers Timofey Evseev.

Im Jahr 2003 wurde das Museum rekonstruiert.

Im Februar 2007 wurde das 120-jährige Bestehen von Timofey Evseevich Evseev gefeiert. Es wurden neue Ausstellungen geschaffen: „Rituale des Lebenszyklus: traditionelle Kultur des Mari-Volkes im 19. und 20. Jahrhundert“, „Die erstaunliche Welt der Tiere. Besonders geschützte Naturgebiete der Republik Mari El“, „Seiten der Geschichte des Mariischen Landes von den frühesten Zeiten bis in die 80er Jahre des 20. Jahrhunderts“.

Im Dezember 2014 erhielten die Mitarbeiter der ethnographischen Abteilung des Museums für das wissenschaftliche Forschungsprojekt „Karawanenausstellung „Drei Totems“ die Ehrenbezeichnung als Preisträger des Staatlichen Jugendpreises der Republik Mari El im Bereich Literatur, Kultur und Kunst nach Olyka Ipaya. Die Preisverleihung fand im Januar 2015 im Regierungshaus der Republik Mari El statt.

Am 20. Juli 2017 besuchte der Präsident Russlands, W. W. Putin, im Rahmen eines Besuchs in Yoshkar-Ola zur Teilnahme an einer Sitzung des Rates für interethnische Beziehungen beim Präsidenten Russlands das Museum.

Im März 2020 fand anlässlich des 100-jährigen Bestehens des Museums eine Präsentation neuer Produkte und Dienstleistungen im Museum für Geschichte und Archäologie statt. Es wurde ein Präsentationsalbum „Mariisches Land, der Zauber Russlands“ mit einer mobilen Anwendung „Ich bin hier: Mari El“ für iOS und Android vorgestellt. Neue Möglichkeiten für die Beteiligung der Wirtschaft an der Entwicklung der Kultur der Republik Mari El und der Schaffung kultureller Cluster wurden erörtert. Teilnehmer waren Vertreter von Unternehmen, die an der Erweiterung der Marketingkanäle und neuen Ansätzen zur Unternehmenskultur interessiert sind.

Das Gebäude des Museums ist ein Denkmal der Architektur regionaler Bedeutung.

Es wurde 1903 als Arresthaus erbaut, diente später als Arbeiterfakultät, und während des Zweiten Weltkriegs war hier das Staatliche Optische Institut aus Leningrad untergebracht, wo der Akademiker Sergei Ivanovich Vavilov arbeitete. Das Museum nutzt das Gebäude seit 1946. 1960 wurde das Gebäude anlässlich des Jubiläums der Republik rekonstruiert, indem ein drittes Stockwerk aufgesetzt und der rechte Flügel gebaut wurde.

Das Gebäude bildet die Front der Bebauung an der östlichen Seite der Sowjetstraße. Es handelt sich um ein rechteckiges dreigeschossiges Ziegelgebäude mit einem Risalit auf der östlichen Seite. Bei der Gestaltung der Fassade wurden Rustika, profilierte Gesimse, Kanneluren in den Wandflächen der Fenster im 2. und 3. Stock sowie Verzierungen in Form von mariischen Nationalornamenten verwendet.