La création du musée de l'architecture en bois à Kostroma est liée à la construction du barrage de la centrale hydroélectrique de Gorki et à la formation du réservoir de Gorki entre 1955 et 1957. Entre 1946 et 1950, des expéditions de l'Académie d'architecture de l'URSS ont été envoyées dans la région de Kostroma pour rechercher des monuments précieux de l'architecture russe. La première expédition, dirigée par S. L. Agafonov, a commencé à former la collection du musée, transportant à Kostroma des échantillons uniques d'architecture en bois provenant des territoires inondés, tels que l'église de Spaso-Preobrazhenskaya du village de Spas-Vyozhi, installée en 1955 sur le territoire de la nouvelle ville du monastère d'Ipatiev. Plus tard, selon le projet d'A. V. Opolovnikov, l'église de la Dormition de la Sainte Mère de Dieu du village de Kholm a été déplacée, et selon le projet d'I. Sh. Chevelyov, l'église de Tous les Miséricordieux du village de Fominskoye. En plus des édifices cultuels, des maisons paysannes, des bâtiments agricoles, des bains, des granges et des moulins des XIXe et XXe siècles ont été déplacés vers les murs du monastère d'Ipatiev.

Au départ, les habitants et les visiteurs de Kostroma appelaient le musée "Musée de l'architecture en bois de Kostroma", mais ses noms officiels ont changé à plusieurs reprises. En 1960 et 1971, il était connu sous le nom de Musée de l'architecture populaire en bois au sein de la réserve historique et architecturale de l'ancien monastère d'Ipatiev, faisant partie du musée-réserve historique et architectural de Kostroma. En 1972 et 2005, le musée était appelé "Musée de l'architecture et de la vie populaire" et restait une unité structurelle du monastère d'Ipatiev. En 2006, le musée est devenu une entité juridique indépendante sous le nom de "Kostrômskaïa Sloboda", étant un établissement culturel budgétaire d'État de la région de Kostroma, le "musée-réserve architectural, ethnographique et paysager de Kostromskaïa Sloboda", dont le fondateur est le département de la culture de la région de Kostroma.