Die Gründung des Museums für Holzarchitektur in Kostroma steht im Zusammenhang mit dem Bau des Staudamms der Gorki-Talsperre und der Bildung des Gorki-Stausees in den Jahren 1955-1957. In der Zeit von 1946 bis 1950 wurden Expeditionen der Akademie für Architektur der UdSSR in die Region Kostroma entsandt, um wertvolle Denkmäler der russischen Architektur zu suchen. Die erste Expedition, geleitet von S. L. Agafonov, begann mit der Bildung der Sammlung des Museums, indem sie einzigartige Beispiele der Holzarchitektur aus überfluteten Gebieten nach Kostroma transportierte, wie die Spaso-Transfiguration-Kirche aus dem Dorf Spas-Vyozhi, die 1955 auf dem Gelände der Neuen Stadt des Ipatiev-Klosters errichtet wurde. Später wurde die Kirche der Himmelfahrt der Heiligen Gottesmutter aus dem Dorf Cholm nach dem Projekt von A. V. Opolovnikov transportiert, und die Kirche des Allbarmherzigen Erlösers aus dem Dorf Fominskoye nach dem Projekt von I. Sh. Shevelev. Neben den Kultgebäuden wurden auch Bauernhäuser, Wirtschaftsgebäude, Bäder, Scheunen und Mühlen aus dem 19. und 20. Jahrhundert zu den Mauern des Ipatiev-Klosters versetzt.

Ursprünglich nannten die Bewohner und Gäste von Kostroma das Museum "Kostromskij Museum für Holzarchitektur", jedoch änderten sich seine offiziellen Namen mehrfach. In den Jahren 1960 und 1971 war es als Museum für Volks-Holzarchitektur im historischen und architektonischen Reservat des ehemaligen Ipatiev-Klosters bekannt und war Teil des Kostroma historischen und architektonischen Museums-Reservats. In den Jahren 1972 und 2005 hieß das Museum "Museum für Volksarchitektur und -leben" und blieb eine strukturelle Einheit des Ipatiev-Klosters. Im Jahr 2006 wurde das Museum eine eigenständige juristische Person unter dem Namen "Kostromskaja Sloboda" und ist eine staatliche kulturelle Einrichtung des Kostroma-Gebiets, das als "Kostromskij architektonisch-ethnografisches und Landschaftsmuseum-Reservat 'Kostromskaja Sloboda'" gegründet wurde, dessen Gründer das Kulturministerium der Region Kostroma ist.