La creación del museo de arquitectura de madera en Kostroma está relacionada con la construcción de la presa de la central hidroeléctrica de Gorky y la formación del embalse de Gorky entre 1955 y 1957. Entre 1946 y 1950, se enviaron expediciones de la Academia de Arquitectura de la URSS a la región de Kostroma para buscar valiosos monumentos de la arquitectura rusa. La primera expedición, encabezada por S. L. Agafonov, comenzó a formar la colección del museo, trasladando a Kostroma desde las áreas inundadas muestras únicas de arquitectura de madera, como la iglesia de Spaso-Preobrazhenskaya del pueblo de Spas-Vyozhi, que fue instalada en 1955 en el territorio de la nueva ciudad del monasterio Ipatiev. Más tarde, según el proyecto de A. V. Opolovnikov, se trasladó la iglesia de la Asunción de la Santísima Virgen del pueblo de Kholm, y según el proyecto de I. Sh. Shevelev, la iglesia del Salvador Misericordioso del pueblo de Fominskoye. Además de los edificios de culto, se trasladaron a las murallas del monasterio Ipatiev casas de campesinos, edificios de granja, baños, graneros y molinos de los siglos XIX y XX.

Inicialmente, los habitantes y visitantes de Kostroma llamaban al museo "Museo de arquitectura de madera de Kostroma", sin embargo, sus nombres oficiales cambiaron varias veces. En 1960 y 1971, fue conocido como el Museo de la arquitectura popular de madera en la reserva histórico-arquitectónica del antiguo monasterio de Ipatiev, siendo parte del museo-reserva histórico-arquitectónico de Kostroma. En 1972 y 2005, el museo se llamó "Museo de la arquitectura y la vida popular" y permaneció como una subdivisión del monasterio de Ipatiev. En 2006, el museo se convirtió en una entidad jurídica independiente bajo el nombre "Kostrómская Sloboda", siendo una institución cultural estatal presupuestaria de la región de Kostroma "Museo-reserva arquitectónico-etnográfico y paisajístico Kostrómская Sloboda", cuyo fundador es el departamento de cultura de la región de Kostroma.