Pavel Florensky a passé la majeure partie de sa vie dans sa maison à Serguiev Possad, qu'il a acquise en 1915. Cette même année, sa famille a déménagé de Tbilissi à Moscou pour être près de lui. Sa mère Olga Florenskaïa, ses sœurs Raïssa et Ioulia, ainsi que son frère Andreï se sont installés dans un appartement de cinq pièces, qui est devenu un appartement communautaire après la révolution de 1917 et l'introduction de la politique de densification. Le pouvoir soviétique a permis aux Florenski de garder deux pièces, mais bientôt le doyen de l'appartement P. A. Stroeva a signalé la nécessité d'une densification supplémentaire. En fin de compte, cinq membres de la famille ont été contraints de vivre dans une seule pièce. À partir de 1921, Pavel Florensky a travaillé à Glavélectro et restait souvent avec sa famille, mais en raison du manque d'espace, il devait passer la nuit chez des amis V. I. Lisev et Efimov. En 1933, Florensky a été envoyé au camp, d'où il a continué à écrire des lettres à sa famille.

En 1988, à l'initiative de Maria Troubatcheva et de la section moscovite de la Société panrusse pour la protection des monuments, l'ancien appartement communautaire a été inscrit sur la liste des monuments historiques et culturels de Moscou. L'académicien Dmitri Likhatchiov a été le premier à proposer de créer un musée commémoratif de Pavel Florensky à Moscou. Le 22 janvier 1989, il a appelé les participants à l'exposition « Retour des noms oubliés », consacrée à la vie de Florensky, à préserver l'appartement moscovite de Florensky et à créer un musée pour le travail scientifique et culturel.

En 1992, l'appartement a obtenu le statut de monument devant être protégé par l'État. En 1993, l'archimandrite Andronik, petit-fils de Florensky et directeur du Centre d'étude, de protection et de restauration de son héritage, a adressé une demande au maire de Moscou, Youri Loujkov, pour la création d'un musée. Le musée a été ouvert le 8 décembre 1997, à l'occasion du 60e anniversaire de la mort de Florensky.