Pavel Florenski pasó la mayor parte de su vida en su propia casa en Serguiev Posad, que adquirió en 1915. Ese mismo año, su familia se mudó de Tiflis a Moscú para estar cerca de él. Su madre, Olga Florenskaya, sus hermanas, Raisa y Yulia, así como su hermano, Andrei, se instalaron en un apartamento de cinco habitaciones, que tras la revolución de 1917 y la implementación de la política de hacinamiento se convirtió en un apartamento compartido. El poder soviético permitió a los Florenski conservar dos habitaciones, pero pronto el administrador del apartamento, P. A. Stroeva, informó sobre la necesidad de un mayor hacinamiento. Como resultado, cinco miembros de la familia se vieron obligados a vivir en una sola habitación. Desde 1921, Pavel Florenski trabajó en Glavélectro y a menudo se quedaba con su familia, pero debido a la falta de espacio, tenía que pasar la noche en casa de amigos, V. I. Lisev y los Efimov. En 1933, Florenski fue enviado a un campo, desde donde continuó escribiendo cartas a su familia.

En 1988, por iniciativa de Maria Trubachova y la sucursal de Moscú de la Sociedad Rusa de Protección de Monumentos, el antiguo apartamento compartido fue incluido en la lista de monumentos de historia y cultura de Moscú. El académico Dmitri Likhachov fue el primero en proponer la creación de un museo memorial de Pavel Florenski en Moscú. El 22 de enero de 1989, se dirigió a los participantes de la exposición "El regreso de los nombres olvidados", dedicada a la vida de Florenski, instando a conservar el apartamento de Florenski en Moscú y crear un museo en su base para el trabajo científico y cultural.

En 1992, el apartamento recibió el estatus de monumento, sujeto a protección estatal. En 1993, el igumen Andronik, nieto de Florenski y director del Centro de estudio, protección y restauración de su legado, envió una solicitud al alcalde de Moscú, Yuri Luzhkov, para la creación del museo. El museo fue inaugurado el 8 de diciembre de 1997, en el 60 aniversario de la muerte de Florenski.