L'histoire du monastère commence en 1883. La propriétaire du domaine dans le village de Bykovo, Elizaveta Yermolinskaya, a adressé une demande écrite à l'Archevêque de Yaroslavl et de Rostov, Ionafan, pour créer une communauté féminine sur son domaine de 175 dessiatines. Le 25 décembre 1885, le Saint-Synode a approuvé la création de la communauté Pokrovskaya. En 1892, elle a été transformée en monastère féminin Pokrovsky de Mologa.

Le 18 mars 1886, la Consistoire spirituelle de Yaroslavl a nommé la moniale Sergia Fyodorova du monastère féminin de Kazan à Yaroslavl dans le nouveau monastère. En 1893, le monastère comptait 93 résidentes, et en 1927, lorsque le monastère a été fermé, leur nombre avait atteint 200. En 1895, une dépendance avec une chapelle en pierre a été créée à Rybinsk, qui a été confisquée en 1919 avec ses biens.

Après la fermeture du monastère en 1927, un établissement agricole et des ateliers ont été installés sur son territoire, et un club a été aménagé dans l'église de Sergius de Radonège. L'autel de l'église de la Protection de la Vierge Marie a été complètement démoli, et un atelier de tracteurs y a été installé. Le cimetière du monastère a été transformé en stade.

En 1940, après la construction du barrage de Rybinsk et du réservoir, la ville de Mologa a été inondée avec ses églises et monastères, y compris le célèbre monastère de Leushin. Les habitants des territoires inondés ont été relogés, mais le monastère féminin Pokrovsky est resté à l'abri des inondations. En 1996, le monastère a été transféré à l'Éparchie de Yaroslavl.

Sur le territoire du monastère se trouvent deux églises. L'église en pierre au nom de la Protection de la Vierge Marie, avec un autel, a été construite en 1889 et se trouve actuellement dans un état semi-détruit. L'église domestique en l'honneur de Sergius de Radonège est située à l'intérieur d'un bâtiment en pierre de trois étages, où le système de chauffage est hors service, rendant les services religieux impossibles.