Die Geschichte des Klosters beginnt im Jahr 1883. Die Besitzerin des Anwesens im Dorf Bykowo, Jelisaweta Jermolinskaja, wandte sich mit einem schriftlichen Gesuch an den Erzbischof von Jaroslawl und Rostow, Jonafan, mit der Bitte, eine Frauengemeinschaft auf dem Gelände ihres Anwesens von 175 Desjatinen zu gründen. Am 25. Dezember 1885 genehmigte der Heilige Synod die Gründung der Pokrowskaja-Gemeinschaft. Im Jahr 1892 wurde sie in das Mologski Pokrowski Frauenkloster umgewandelt.

Am 18. März 1886 ernannte die Jaroslawler Geistliche Konsistenz die Nonne Sergija Fjodorowa aus dem Jaroslawler Kasaner Frauenkloster für das neue Kloster. Im Jahr 1893 lebten im Kloster 93 Nonnen, und bis 1927, als das Kloster geschlossen wurde, erreichte ihre Zahl 200. Im Jahr 1895 wurde in Rybinsk eine Filiale mit einer Steinkapelle gegründet, die 1919 zusammen mit dem Eigentum beschlagnahmt wurde.

Nach der Schließung des Klosters im Jahr 1927 wurde auf seinem Gelände eine landwirtschaftliche Schule und Werkstätten untergebracht, und in der Kirche des heiligen Sergius von Radonesch wurde ein Klub eingerichtet. Der Altar der Kirche der Pokrowa der Heiligen Gottesmutter wurde vollständig abgerissen, und dort wurde eine Traktorenwerkstatt eingerichtet. Der Klosterfriedhof wurde in ein Stadion verwandelt.

Im Jahr 1940, nach dem Bau des Rybinsk-Wasserkraftwerks und des Stausees, wurde die Stadt Mologa zusammen mit den Kirchen und Klöstern, einschließlich des berühmten Leuschinski-Klosters, überflutet. Die Bewohner der überfluteten Gebiete wurden umgesiedelt, aber das Pokrowski Frauenkloster blieb unüberflutet. Im Jahr 1996 wurde das Kloster an das Jaroslawler Bistum übergeben.

Auf dem Gelände des Klosters befinden sich zwei Kirchen. Die Steinkirche zu Ehren der Pokrowa der Heiligen Gottesmutter mit einem Altar wurde 1889 erbaut und befindet sich jetzt in einem halbzerstörten Zustand. Die Hauskirche zu Ehren des heiligen Sergius von Radonesch befindet sich im Inneren des dreigeschossigen Steingebäudes, wo das Heizsystem ausgefallen ist, was die Gottesdienste unmöglich machte.