La historia del monasterio comienza en 1883. La propietaria de la finca en el pueblo de Bykovo, Elisaveta Ermolinskaya, presentó una solicitud por escrito al Arzobispo de Yaroslavl y Rostov, Ionafan, pidiendo la creación de una comunidad femenina en el territorio de su mansión de 175 desiatinas. El 25 de diciembre de 1885, el Santo Sínodo aprobó la creación de la comunidad de Pokrov. En 1892, fue transformada en el Monasterio femenino Pokrovsky de Mologa.

El 18 de marzo de 1886, la Consistoría Espiritual de Yaroslavl designó a la monja Sergia Fyodorova del Monasterio femenino Kazan de Yaroslavl para el nuevo monasterio. En 1893, había 93 residentes en el monasterio, y para 1927, cuando fue cerrado, su número había alcanzado los 200. En 1895, se creó una dependencia en Rybinsk con una capilla de piedra, que fue confiscada en 1919 junto con los bienes.

Después del cierre del monasterio en 1927, se estableció una escuela agrícola y talleres en su territorio, y se organizó un club en la iglesia de Sergio de Radonezh. El altar de la iglesia de la Protección de la Santísima Virgen fue completamente demolido y se convirtió en un taller de tractores. El cementerio del monasterio se transformó en un estadio.

En 1940, tras la construcción de la central hidroeléctrica de Rybinsk y el embalse, la ciudad de Mologa fue inundada junto con iglesias y monasterios, incluido el famoso monasterio Leushinsky. Los habitantes de las zonas inundadas fueron reubicados, pero el monasterio femenino Pokrovsky permaneció sin inundar. En 1996, el monasterio fue transferido a la diócesis de Yaroslavl.

En el territorio del monasterio hay dos iglesias. La iglesia de piedra en honor a la Protección de la Santísima Virgen fue construida en 1889 y actualmente se encuentra en estado semi-ruinoso. La iglesia doméstica en honor a Sergio de Radonezh está ubicada dentro del edificio de piedra de tres pisos, donde el sistema de calefacción ha fallado, lo que ha hecho que los servicios religiosos sean imposibles.