Derrière l'autel de la cathédrale de Kazan se trouvent les tombes des abbesses de l'abbaye. Avant le début des années 1920, il y avait ici une crypte, créée en 1910 selon le projet de l'ingénieur provincial B.A. Savitsky grâce aux efforts du bienfaiteur du monastère, Sergei Vasilievich Perlov.

En février 1911, la schemignonne Catherine (Sambikina, 1842-1911) a été enterrée dans cette crypte. En octobre de la même année, les restes des abbesses décédées précédemment ont été transférés ici : la schemimère Sophie (Bolotova, 1845-1888) et la schemignonne Euphrosinia (Rozova, 1830-1904). En 1919, la schemignonne Valentina (Rozantseva, 1864-1919), dernière abbesse avant la fermeture du monastère, a été enterrée ici.

Dans l'une des sections de la crypte, en 1910, selon son testament, Sergei Vasilievich a été enterré : « Je veux être enterré à Chamordine, pour que mes enfants ne l'oublient pas. Ma tombe les attirera ici. » Après la fermeture de l'abbaye, la crypte a été complètement détruite, seul le fondement a été conservé.