Detrás del altar de la catedral de Kazan se encuentran las tumbas de las abadesas de la comunidad. Hasta principios de la década de 1920, aquí había una cripta, creada en 1910 por el proyecto del ingeniero provincial B.A. Savitsky gracias a los esfuerzos del benefactor del monasterio, Sergey Vasilyevich Perlov.

En febrero de 1911, en esta cripta fue enterrada la scheiigumenia Ekaterina (Sambikina, 1842-1911). En octubre del mismo año, se trasladaron allí los restos de las abadesas fallecidas anteriormente: la scheimonja Sofía (Bolotova, 1845-1888) y la scheiigumenia Evfrosinia (Rozova, 1830-1904). En 1919, aquí fue enterrada la scheiigumenia Valentina (Rozantseva, 1864-1919), la última abadesa antes del cierre del monasterio.

En uno de los compartimentos de la cripta, en 1910, fue enterrado Sergey Vasilyevich, según su testamento: "Quiero descansar en Shamorino, para que mis hijos no lo olviden. Mi tumba los atraerá aquí". Después del cierre de la comunidad, la cripta fue completamente destruida, solo quedó la base.