Le monastère du bienheureux Philippe d'Irap a été fondé en 1517 sous le grand-duc Vassili Ivanovitch. Pendant la période des troubles, de 1611 à 1618, le monastère a été attaqué par des envahisseurs polono-lituaniens et a été brûlé et détruit, seules les églises ont survécu. En 1676, le monastère a été restauré, et en 1688, il a été rattaché au Patriarche du monastère de la Résurrection à Tcherepovets. En 1699, un monastère en pierre a été construit à l'emplacement du monastère, qui a existé jusqu'aux années 1920. En 1764, lors de l'établissement des états monastiques, le monastère de la Trinité de Philippe d'Irap a été supprimé avec le monastère de la Résurrection de Tcherepovets, les moines ont été répartis dans les monastères de Vologda, et un prêtre paroissial a été nommé au monastère. Le monastère est resté supprimé pendant 28 ans.

En 1914, l'archimandrite Léonide Moltchanov est devenu le supérieur du monastère, s'occupant activement de son renforcement matériel et ecclésiastique. En mars de l'année suivante, il a été élevé au rang d'igoumène. En 2005, son nom a été inclus dans le Synode des nouveaux martyrs et confesseurs russes du XXe siècle. En 1918, en tant que supérieur du monastère de l'Introduction à Solvychegodsk, Léonide a été reconnu comme un ennemi du pouvoir soviétique et fusillé. La même année, les biens du monastère ont été nationalisés, un orphelinat pour les enfants de la guerre civile a été ouvert, et les moines ont été contraints de travailler dans une coopérative agricole. Depuis 1925, le monastère abritait une maison de repos « Andoga », et en 1927, le monastère a été fermé. La cloche du clocher est tombée dans la rivière Andoga et repose encore au fond en face des portes du monastère. Pendant la Grande Guerre patriotique, un hôpital a été installé dans le monastère, qui est devenu après la guerre une maison pour les invalides, et depuis 1974, un internat pour les malades mentaux.

La restauration du monastère a commencé à l'été 2016, lorsque la plupart des bâtiments étaient dans un état d'urgence. En août, un évêché a été ouvert sous la direction du supérieur, l'archimandrite Théodose Belov, et du constructeur, l'archimandrite Gerontius Tchudnevitch. En six mois, les corps des cellules, la salle à manger, le bain, l'hôtel ont été restaurés, les toits ont été renouvelés, la restauration de l'église de Kazan de 1755 est en cours, et une nouvelle chapelle en bois a été construite. Le territoire autour du monastère a été dégagé, et le nombre de résidents a augmenté à 30 personnes.

Les plans incluent la restauration complète de tous les bâtiments monastiques, y compris trois églises : Kazan, la cathédrale de la Trinité et l'église latérale de Philippe d'Irap, le renforcement de la rive de l'Andoga, la création de baignoires, l'aménagement d'un jardin monastique et la construction de fermes. Il est prévu que le monastère s'autofinance en produisant du pain, du lait et des prosphores.

Depuis août 2016, des services religieux réguliers ont commencé à être célébrés dans la chapelle du monastère. Le 27 novembre 2016 et le 22 avril 2017, pour la première fois en 90 ans, des liturgies ont eu lieu dans l'église de Kazan en cours de restauration, et le 22 avril 2017, la première procession a eu lieu. Le 21 mai, le monastère a accueilli la première liturgie épiscopale en 100 ans, rassemblant un nombre record de pèlerins. Ainsi, le monastère renaît tant extérieurement que spirituellement.