El monasterio del venerable Filippo Irapski fue fundado en 1517 durante el gran príncipe Vasili Ivanovich. Durante el período de la Tiempo de Troubles, de 1611 a 1618, el desierto fue atacado por los invasores polaco-lituanos y fue incendiado y destruido, solo quedaron las iglesias. En 1676, el desierto fue restaurado, y en 1688 fue anexado al Patriarca del monasterio de la Resurrección en Cherepovets. En 1699, en el lugar del desierto se construyó un monasterio de piedra, que existió hasta la década de 1920. En 1764, al establecer los estados monásticos, el desierto de la Trinidad de Filippo Irapski fue abolido junto con el monasterio de la Resurrección de Cherepovets, los monjes fueron distribuidos a los monasterios de Vologda, y se nombró un sacerdote parroquial en el desierto. El desierto permaneció abolido durante 28 años.

En 1914, el igumen del desierto fue el hieromonje Leonid Molchanov, quien se dedicó activamente a su fortalecimiento material y eclesiástico. En marzo del año siguiente, fue elevado al rango de igumen. En 2005, su nombre fue incluido en el Sínodo de nuevos mártires y confesores rusos del siglo XX. En 1918, siendo el igumen del monasterio de la Introducción de Solvychegodsk, Leonid fue considerado enemigo del poder soviético y fusilado. Ese mismo año, los bienes del monasterio fueron nacionalizados, se abrió un orfanato para los huérfanos de la guerra civil, y se obligó a los monjes a trabajar en una cooperativa agrícola. Desde 1925, en el desierto se encontraba una casa de descanso "Andoga", y en 1927 se cerró la comunidad. La campana del campanario cayó en el río Andoga y todavía yace en el fondo frente a las puertas del monasterio. Durante la Gran Guerra Patria, se estableció un hospital en el monasterio, que después de la guerra se convirtió en un hogar para discapacitados, y desde 1974, en un internado para enfermos mentales.

La restauración del monasterio comenzó en el verano de 2016, cuando la mayoría de los edificios estaban en estado de emergencia. En agosto se abrió la residencia del obispo bajo la dirección del igumen hieromonje Feodosiy Belov y el constructor hieromonje Gerontiy Chudnevich. En medio año se restauraron los cuerpos de celdas, el refectorio, la sauna, el hotel, se renovaron los techos, se está restaurando la iglesia de Kazán de 1755, y se construyó una nueva capilla de madera. El territorio alrededor del monasterio fue despejado, y el número de residentes aumentó a 30 personas.

Los planes incluyen la restauración completa de todos los edificios monásticos, incluyendo tres iglesias: Kazán, la catedral de la Trinidad y la iglesia lateral de Filippo Irapski, el fortalecimiento de la orilla del Andoga, la creación de baños, el establecimiento de un jardín monástico y la construcción de establos. Se supone que el monasterio se autoabastecerá de pan, leche y prosforas.

Desde agosto de 2016, en la iglesia doméstica de la comunidad se comenzaron a realizar servicios regulares. El 27 de noviembre de 2016 y el 22 de abril de 2017, se celebraron por primera vez en 90 años Liturgias en la iglesia de Kazán en restauración, y el 22 de abril de 2017 tuvo lugar la primera procesión. El 21 de mayo, en la comunidad se celebró la primera Liturgia episcopal en 100 años, que reunió un número récord de peregrinos. Así, el monasterio renace tanto externamente como espiritualmente.