Das Kloster des heiligen Philipp Irapski wurde 1517 unter dem Großfürsten Wassili Iwanowitsch gegründet. In der Zeit der Wirren, von 1611 bis 1618, wurde das Kloster von polnisch-litauischen Eroberern angegriffen und verbrannt und zerstört, nur die Kirchen blieben erhalten. 1676 wurde das Kloster wiederhergestellt, und 1688 wurde es dem Patriarchen des Auferstehungsklosters in Tscherepowez unterstellt. 1699 wurde an der Stelle des Klosters ein steinernes Kloster erbaut, das bis in die 1920er Jahre bestand. 1764, bei der Einrichtung der Klosterstaaten, wurde das Dreifaltigkeitskloster Philipp Irapski zusammen mit dem Auferstehungskloster in Tscherepowez aufgehoben, die Mönche wurden auf die Klöster in Wologda verteilt, und im Kloster wurde ein Pfarrer eingesetzt. Das Kloster blieb 28 Jahre lang aufgehoben.

1914 wurde der Mönch Leonid Moltschanow zum Abt des Klosters ernannt, der aktiv an seiner materiellen und kirchlichen Stärkung arbeitete. Im März des folgenden Jahres wurde er zum Igumen erhoben. 2005 wurde sein Name in den Katalog der neuen Märtyrer und Bekenner des 20. Jahrhunderts in Russland aufgenommen. 1918, als er Abt des Wwedenskoje Klosters in Solwytschegodsk war, wurde Leonid als Feind der sowjetischen Macht anerkannt und erschossen. Im selben Jahr wurde das Eigentum des Klosters nationalisiert, ein Waisenhaus für die Waisen des Bürgerkriegs eröffnet, und die Mönche wurden verpflichtet, in einer landwirtschaftlichen Genossenschaft zu arbeiten. Ab 1925 befand sich im Kloster ein Erholungsheim „Andoga“, und 1927 wurde die Abtei geschlossen. Die Glocke vom Glockenturm fiel in den Fluss Andoga und liegt bis heute am Grund gegenüber dem Klostertor. Während des Großen Vaterländischen Krieges wurde im Kloster ein Krankenhaus eingerichtet, das nach dem Krieg zu einem Heim für Invaliden wurde und seit 1974 als Internat für psychisch Kranke dient.

Die Wiederherstellung des Klosters begann im Sommer 2016, als sich die meisten Gebäude in einem Notzustand befanden. Im August wurde unter der Leitung des Abtes, des Mönchs Theodosij Belov, und des Baumeisters, des Mönchs Gerontij Tschudnewitsch, ein Erzbischöfliches Vorwerk eröffnet. Innerhalb von sechs Monaten wurden die Zellen, die Speisehalle, die Sauna, das Hotel wiederhergestellt, die Dächer erneuert, die Wiederherstellung der Kazan-Kirche von 1755 ist im Gange, und eine neue hölzerne Kapelle wurde gebaut. Das Gebiet um das Kloster wurde geräumt, die Zahl der Bewohner stieg auf 30 Personen.

Geplant ist die vollständige Wiederherstellung aller Klostergebäude, einschließlich dreier Kirchen: der Kazan-Kirche, der Dreifaltigkeitskathedrale und der Kapelle des Philipp Irapski, die Stärkung des Ufers der Andoga, die Schaffung von Badehäusern, die Anlage eines Klostergartens und die Einrichtung von Viehställen. Es wird erwartet, dass das Kloster sich selbst mit Brot, Milch und Prosforas versorgt.

Seit August 2016 finden im Hauskloster regelmäßige Gottesdienste statt. Am 27. November 2016 und am 22. April 2017 fanden zum ersten Mal seit 90 Jahren Liturgien in der wiederhergestellten Kazan-Kirche statt, und am 22. April 2017 fand der erste Kreuzgang statt. Am 21. Mai fand im Kloster die erste Erzbischöfliche Liturgie seit 100 Jahren statt, die eine Rekordzahl von Pilgern versammelte. So wird das Kloster sowohl äußerlich als auch geistig wiederbelebt.