Le musée de Kostroma a été fondé en 1891 grâce à la Commission archivistique scientifique de la province de Kostroma. En 1913, la commission a déménagé dans le bâtiment du musée Romanov, construit pour le 300e anniversaire de la Maison Romanov selon le projet de l'architecte municipal. Ce bâtiment, situé au début de l'actuel boulevard de la Paix, a été solennellement inauguré en présence de la famille impériale. Les collections initiales du musée étaient liées à l'histoire de la dynastie Romanov.

Depuis 1913, le musée a subi de nombreuses réorganisations. Au cours du XXe siècle, ses fonds se sont enrichis d'expositions uniques, telles que des œuvres artistiques et graphiques d'E. V. Chestnyakov, une collection d'armes de la noblesse Tcherevinykh et une collection orientale de G. A. Ladyzhensky.

En 1958, le musée d'histoire et d'architecture de Kostroma a été créé au monastère Ipatiev. Les travaux de restauration ont permis de restaurer des constructions anciennes, les débarrassant des modifications ultérieures.

En 1993, malgré les protestations, le territoire de la Nouvelle ville a été transféré à la communauté monastique. En 2004, l'ensemble du complexe monastique a été transféré à l'Église orthodoxe russe, ce qui a provoqué un scandale, et les collections du musée ont dû être rapidement placées dans divers locaux inadaptés.

En août 2005, une réorganisation a eu lieu, résultant en la fusion de deux grands musées de la ville et de la région : le musée d'art unifié de l'État de Kostroma et le musée d'histoire et d'architecture unifié de l'État « Monastère Ipatiev ».