Das Museum in Kostroma wurde 1891 gegründet, dank der Kostromer gubernialen wissenschaftlichen Archivkommission. 1913 zog die Kommission in das Gebäude des Romanow-Museums, das zum 300-jährigen Bestehen des Hauses Romanow nach einem Entwurf des städtischen Architekten erbaut wurde. Dieses Gebäude, das am Anfang der heutigen Mir-Allee liegt, wurde feierlich im Beisein der kaiserlichen Familie eröffnet. Die ursprünglichen Sammlungen des Museums waren mit der Geschichte der Romanow-Dynastie verbunden.

Seit 1913 hat das Museum zahlreiche Reorganisationen durchlaufen. Im Laufe des 20. Jahrhunderts wurden seine Bestände mit einzigartigen Exponaten ergänzt, wie künstlerischen und grafischen Arbeiten von E. V. Tschestnjakow, der Waffensammlung der Adelsfamilie Tscheriwinych und der orientalischen Sammlung von G. A. Ladyzhensky.

1958 wurde im Ipatiev-Kloster das Kostromas Staatliches Historisch-Architektonisches und Kunstmuseum gegründet. Restaurierungsarbeiten ermöglichten die Wiederherstellung antiker Gebäude, indem sie von späteren Veränderungen befreit wurden.

1993 wurde, trotz Protesten, das Gebiet der Neuen Stadt an die Mönchsgemeinschaft übergeben. 2004 wurde der gesamte Komplex des Klosters der Russisch-Orthodoxen Kirche übergeben, was einen Skandal auslöste, und die Sammlungen des Museums mussten dringend in verschiedenen ungeeigneten Räumlichkeiten untergebracht werden.

Im August 2005 fand eine Reorganisation statt, bei der zwei große Museen der Stadt und der Region fusionierten: das Kostromas Staatliches Vereinheitlichtes Kunstmuseum und das Kostromas Staatliches Vereinheitlichtes Historisch-Architektonisches Museum „Ipatiev-Kloster“.