Le musée a été fondé en 1782 grâce aux fonds collectés par le gouverneur de la province d'Irkoutsk, F. N. Klichka, parmi les nobles et les marchands locaux.

Les initiateurs de la création du musée et de la bibliothèque étaient le correspondant de l'Académie des sciences, Alexandre Karymshev, et le membre honoraire de l'Académie des sciences, Erik Laksman. La période de prospérité du musée a commencé avec l'ouverture à Irkoutsk du département sibérien de la Société géographique russe en 1851, lorsque le musée est passé sous sa direction. À cette époque, le musée s'est activement consacré à l'étude de la partie asiatique de la Russie à travers des expéditions.

En 1879, un incendie à Irkoutsk a détruit une grande partie de la ville, y compris les bâtiments du musée et de la bibliothèque. Après la perte de 22 000 objets de musée et de 10 000 livres, le musée a été restauré et a rouvert le 6 octobre 1883.

En 1896, lors de l'Exposition universelle de Nijni Novgorod, le musée a reçu un diplôme de première classe.

En 1920, le musée de la VSORGO a été nationalisé et est devenu propriété de l'État.

Aujourd'hui, le musée comprend plusieurs départements : le département d'histoire, le département de la nature, le département d'exposition « Fenêtre sur l'Asie », le département d'exposition « Studio du musée », le département scientifique et de fonds, la bibliothèque et le centre muséal pour enfants. Un bureau d'excursions fonctionne au musée, organisant des visites en bus de la ville et de ses environs. Le musée organise des expositions et des présentations qui attirent chaque année jusqu'à 300 000 visiteurs.