El museo fue fundado en 1782 gracias a los fondos recaudados por el gobernador del gobierno de Irkutsk, F. N. Klichka, entre la nobleza y los comerciantes locales.

Los iniciadores de la creación del museo y la biblioteca fueron el corresponsal de la Academia de Ciencias, Alexander Karamyshev, y el miembro honorario de la Academia de Ciencias, Erik Laksman. El período de esplendor del museo comenzó con la apertura en Irkutsk de la Sección Siberiana de la Sociedad Geográfica Rusa en 1851, cuando el museo pasó a estar bajo su gestión. En ese momento, el museo se dedicaba activamente a investigar la parte asiática de Rusia a través de expediciones.

En 1879, un incendio en Irkutsk destruyó una parte significativa de la ciudad, incluidos los edificios del museo y la biblioteca. Tras la pérdida de 22 mil exposiciones del museo y 10 mil libros, el museo fue restaurado y reabrió el 6 de octubre de 1883.

En 1896, en la Exposición Nacional de Nizhni Nóvgorod, el museo recibió un diploma de primer grado.

En 1920, el museo de VSORGO fue nacionalizado y se convirtió en propiedad estatal.

Hoy en día, el museo incluye varios departamentos: departamento de historia, departamento de naturaleza, departamento de exposiciones "Ventana a Asia", departamento de exposiciones "Estudio del Museo", departamento científico y de fondos, biblioteca y centro infantil del museo. El museo cuenta con una oficina de excursiones que organiza visitas en autobús por la ciudad y sus alrededores. El museo realiza exposiciones y muestras que son visitadas anualmente por hasta 300 mil personas.